最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。

是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?


当前回答

  packages_installed <- function(pkg_list){
        pkgs <- unlist(pkg_list)
        req <- unlist(lapply(pkgs, require, character.only = TRUE))
        not_installed <- pkgs[req == FALSE]
        lapply(not_installed, install.packages, 
               repos = "http://cran.r-project.org")# add lib.loc if needed
        lapply(pkgs, library, character.only = TRUE)
}

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这就是rbundler包的目的:提供一种方法来控制为特定项目安装的包。现在,这个包使用devtools功能将包安装到项目的目录中。该功能类似于Ruby的捆绑器。

如果你的项目是一个包(推荐),那么你所要做的就是加载rbundler并捆绑包。bundle函数将查看包的DESCRIPTION文件,以确定要捆绑哪些包。

library(rbundler)
bundle('.', repos="http://cran.us.r-project.org")

现在这些包将安装在. rbundle目录中。

如果你的项目不是一个包,那么你可以在项目的根目录中创建一个DESCRIPTION文件,其中包含一个Depends字段,列出你想要安装的包(包括可选的版本信息):

Depends: ggplot2 (>= 0.9.2), arm, glmnet

如果你对这个项目感兴趣,这里是github回购:rbundler。

让我分享一点疯狂:

c("ggplot2","ggsci", "hrbrthemes", "gghighlight", "dplyr") %>%  # What will you need to load for this script?
  (function (x) ifelse(t =!(x %in% installed.packages()), 
    install.packages(x[t]),
    lapply(x, require))) 

我已经实现了无声安装和加载所需R包的功能。希望也许会有所帮助。代码如下:

# Function to Install and Load R Packages
Install_And_Load <- function(Required_Packages)
{
    Remaining_Packages <- Required_Packages[!(Required_Packages %in% installed.packages()[,"Package"])];

    if(length(Remaining_Packages)) 
    {
        install.packages(Remaining_Packages);
    }
    for(package_name in Required_Packages)
    {
        library(package_name,character.only=TRUE,quietly=TRUE);
    }
}

# Specify the list of required packages to be installed and load    
Required_Packages=c("ggplot2", "Rcpp");

# Call the Function
Install_And_Load(Required_Packages);

你可以使用find.package()。

这里几乎所有的答案都依赖于(1)require()或(2)installed.packages()来检查给定的包是否已经安装。

我添加了一个答案,因为这些对于回答这个问题的轻量级方法来说是不令人满意的。

Require具有加载包的名称空间的副作用,这可能并不总是可取的 安装。Packages是点燃蜡烛的火箭筒——它将首先检查所有已安装的包,然后我们检查这个库中是否有一个(或几个)包“库存”。没有必要为了找一根针而堆一堆干草堆。

这个答案也是受到@ArtemKlevtsov的启发,以类似的精神回答了这个问题的复制版本。他指出system.file(package=x)可以达到预期的效果,即返回“如果包未安装,则返回nchar > 1”。

如果我们深入了解系统。File实现了这个,我们可以看到它使用了不同的基函数find。包,我们可以直接使用:

# a package that exists
find.package('data.table', quiet=TRUE)
# [1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/data.table"

# a package that does not
find.package('InstantaneousWorldPeace', quiet=TRUE)
# character(0)

我们还可以在find中查看引擎盖下的内容。包来看看它是如何工作的,但这主要是一个有指导意义的练习——我看到的唯一简化函数的方法是跳过一些健壮性检查。但是基本的想法是:在. libpaths()中查找——任何安装的包pkg将在file.path(. libpaths (), pkg)处有一个DESCRIPTION文件,因此快速检查file.exists(file.path(. libpaths (), pkg, 'DESCRIPTION')。

达森·k和我有一个吃豆人包可以很好地做到这一点。包中的p_load函数执行此操作。第一行代码只是为了确保安装了pacman。

if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load(package1, package2, package_n)