最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。

是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?


当前回答

 48 lapply_install_and_load <- function (package1, ...)
 49 {
 50     #
 51     # convert arguments to vector
 52     #
 53     packages <- c(package1, ...)
 54     #
 55     # check if loaded and installed
 56     #
 57     loaded        <- packages %in% (.packages())
 58     names(loaded) <- packages
 59     #
 60     installed        <- packages %in% rownames(installed.packages())
 61     names(installed) <- packages
 62     #
 63     # start loop to determine if each package is installed
 64     #
 65     load_it <- function (p, loaded, installed)
 66     {
 67         if (loaded[p])
 68         {
 69             print(paste(p, "loaded"))
 70         }
 71         else
 72         {
 73             print(paste(p, "not loaded"))
 74             if (installed[p])
 75             {
 76                 print(paste(p, "installed"))
 77                 do.call("library", list(p))
 78             }
 79             else
 80             {
 81                 print(paste(p, "not installed"))
 82                 install.packages(p)
 83                 do.call("library", list(p))
 84             }
 85         }
 86     }
 87     #
 88     lapply(packages, load_it, loaded, installed)
 89 }

其他回答

在我的例子中,我想要一个可以从命令行(实际上是通过Makefile)运行的一行程序。下面是一个安装“VGAM”和“feather”的例子,如果它们还没有安装:

R -e 'for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")'

在R内部,它就是:

for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")

除了前面的解之外,这里没有别的解:

我只说一句 我硬编码回购参数(以避免任何弹出窗口询问使用的镜像) 我不想费心定义一个在其他地方使用的函数

还要注意重要的字符。only=TRUE(如果没有它,require将尝试加载包p)。

关于你的主要目标“安装他们还没有的库”。并且不管使用" installed .packages() "”。下面的函数掩码了require的原始函数。它尝试加载和检查命名包“x”,如果它没有安装,直接安装它,包括依赖项;最后正常加载。将函数名从'require'重命名为'library'以保持完整性。唯一的限制是包名应该加引号。

require <- function(x) { 
  if (!base::require(x, character.only = TRUE)) {
  install.packages(x, dep = TRUE) ; 
  base::require(x, character.only = TRUE)
  } 
}

所以你可以加载和安装包的旧时尚的方式R。 要求(“ggplot2”) 要求(“Rcpp”)

您可以简单地使用setdiff函数获取未安装的包,然后安装它们。在下面的示例中,我们在安装ggplot2和Rcpp包之前检查它们是否已经安装。

unavailable <- setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages()))
install.packages(unavailable)

在一行中,上面的内容可以写成:

install.packages(setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages())))

确定。

您需要比较“已安装的包”和“所需的包”。这非常接近于我用蔓越莓做的事情,因为我需要比较“存储的已知包”和“当前已知的包”,以确定新的和/或更新的包。

就像这样

AP <- available.packages(contrib.url(repos[i,"url"]))   # available t repos[i]

为了获得所有已知的包,模拟调用当前安装的包,并将其与给定的目标包集进行比较。

上面的许多答案(以及这个问题的副本)依赖于安装。包装是不好的形式。从文档中可以看到:

当安装了数千个包时,这可能会很慢,所以不要使用它来查找是否安装了指定的包(使用system. exe)。或者查找一个包是否可用(调用require并检查返回值),或者查找少量包的详细信息(使用packageDescription)。每个安装的包需要读取几个文件,这在Windows和一些网络挂载的文件系统上会很慢。

因此,更好的方法是尝试使用require和install加载包,如果加载失败(如果没有找到require将返回FALSE)。我更喜欢这样的实现:

using<-function(...) {
    libs<-unlist(list(...))
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
    need<-libs[req==FALSE]
    if(length(need)>0){ 
        install.packages(need)
        lapply(need,require,character.only=TRUE)
    }
}

可以这样使用:

using("RCurl","ggplot2","jsonlite","magrittr")

通过这种方式,它加载所有的包,然后返回并安装所有丢失的包(如果您愿意,可以在这里插入提示,询问用户是否想要安装包)。而不是调用install。对于每个包,它只传递一次卸载包的整个向量。

下面是相同的函数,但是有一个窗口对话框,询问用户是否想要安装缺少的包

using<-function(...) {
    libs<-unlist(list(...))
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
    need<-libs[req==FALSE]
    n<-length(need)
    if(n>0){
        libsmsg<-if(n>2) paste(paste(need[1:(n-1)],collapse=", "),",",sep="") else need[1]
        print(libsmsg)
        if(n>1){
            libsmsg<-paste(libsmsg," and ", need[n],sep="")
        }
        libsmsg<-paste("The following packages could not be found: ",libsmsg,"\n\r\n\rInstall missing packages?",collapse="")
        if(winDialog(type = c("yesno"), libsmsg)=="YES"){       
            install.packages(need)
            lapply(need,require,character.only=TRUE)
        }
    }
}