最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户，并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。
是否有一种优雅的方式来调用installed.packages()，比较那些我正在加载和安装如果丢失?
当前回答
关于你的主要目标“安装他们还没有的库”。并且不管使用" installed .packages() "”。下面的函数掩码了require的原始函数。它尝试加载和检查命名包“x”，如果它没有安装，直接安装它，包括依赖项;最后正常加载。将函数名从'require'重命名为'library'以保持完整性。唯一的限制是包名应该加引号。
require <- function(x) {
if (!base::require(x, character.only = TRUE)) {
install.packages(x, dep = TRUE) ;
base::require(x, character.only = TRUE)
}
}
所以你可以加载和安装包的旧时尚的方式R。 要求(“ggplot2”) 要求(“Rcpp”)
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这就是rbundler包的目的:提供一种方法来控制为特定项目安装的包。现在，这个包使用devtools功能将包安装到项目的目录中。该功能类似于Ruby的捆绑器。
如果你的项目是一个包(推荐)，那么你所要做的就是加载rbundler并捆绑包。bundle函数将查看包的DESCRIPTION文件，以确定要捆绑哪些包。
library(rbundler)
bundle('.', repos="http://cran.us.r-project.org")
现在这些包将安装在. rbundle目录中。
如果你的项目不是一个包，那么你可以在项目的根目录中创建一个DESCRIPTION文件，其中包含一个Depends字段，列出你想要安装的包(包括可选的版本信息):
Depends: ggplot2 (>= 0.9.2), arm, glmnet
如果你对这个项目感兴趣，这里是github回购:rbundler。
达森·k和我有一个吃豆人包可以很好地做到这一点。包中的p_load函数执行此操作。第一行代码只是为了确保安装了pacman。
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load(package1, package2, package_n)
在我的例子中，我想要一个可以从命令行(实际上是通过Makefile)运行的一行程序。下面是一个安装“VGAM”和“feather”的例子，如果它们还没有安装:
R -e 'for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")'
在R内部，它就是:
for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")
除了前面的解之外，这里没有别的解:
我只说一句 我硬编码回购参数(以避免任何弹出窗口询问使用的镜像) 我不想费心定义一个在其他地方使用的函数
还要注意重要的字符。only=TRUE(如果没有它，require将尝试加载包p)。
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
if (!require("ggsci")) biocLite("ggsci")
非常基本的一个。
pkgs = c("pacman","data.table")
if(length(new.pkgs <- setdiff(pkgs, rownames(installed.packages())))) install.packages(new.pkgs)
