最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户，并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。
是否有一种优雅的方式来调用installed.packages()，比较那些我正在加载和安装如果丢失?
当前回答
关于你的主要目标“安装他们还没有的库”。并且不管使用" installed .packages() "”。下面的函数掩码了require的原始函数。它尝试加载和检查命名包“x”，如果它没有安装，直接安装它，包括依赖项;最后正常加载。将函数名从'require'重命名为'library'以保持完整性。唯一的限制是包名应该加引号。
require <- function(x) {
if (!base::require(x, character.only = TRUE)) {
install.packages(x, dep = TRUE) ;
base::require(x, character.only = TRUE)
}
}
所以你可以加载和安装包的旧时尚的方式R。 要求(“ggplot2”) 要求(“Rcpp”)
其他回答
我使用以下将检查包是否安装和依赖项是否更新，然后加载包。
p<-c('ggplot2','Rcpp')
install_package<-function(pack)
{if(!(pack %in% row.names(installed.packages())))
{
update.packages(ask=F)
install.packages(pack,dependencies=T)
}
require(pack,character.only=TRUE)
}
for(pack in p) {install_package(pack)}
completeFun <- function(data, desiredCols) {
completeVec <- complete.cases(data[, desiredCols])
return(data[completeVec, ])
}
虽然Shane的回答很好，但对于我的一个项目，我需要自动删除输出消息、警告和安装包。我终于设法得到这个脚本:
InstalledPackage <- function(package)
{
available <- suppressMessages(suppressWarnings(sapply(package, require, quietly = TRUE, character.only = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
missing <- package[!available]
if (length(missing) > 0) return(FALSE)
return(TRUE)
}
CRANChoosen <- function()
{
return(getOption("repos")["CRAN"] != "@CRAN@")
}
UsePackage <- function(package, defaultCRANmirror = "http://cran.at.r-project.org")
{
if(!InstalledPackage(package))
{
if(!CRANChoosen())
{
chooseCRANmirror()
if(!CRANChoosen())
{
options(repos = c(CRAN = defaultCRANmirror))
}
}
suppressMessages(suppressWarnings(install.packages(package)))
if(!InstalledPackage(package)) return(FALSE)
}
return(TRUE)
}
Use:
libraries <- c("ReadImages", "ggplot2")
for(library in libraries)
{
if(!UsePackage(library))
{
stop("Error!", library)
}
}
在我的例子中，我想要一个可以从命令行(实际上是通过Makefile)运行的一行程序。下面是一个安装“VGAM”和“feather”的例子，如果它们还没有安装:
R -e 'for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")'
在R内部，它就是:
for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")
除了前面的解之外，这里没有别的解:
我只说一句 我硬编码回购参数(以避免任何弹出窗口询问使用的镜像) 我不想费心定义一个在其他地方使用的函数
还要注意重要的字符。only=TRUE(如果没有它，require将尝试加载包p)。
站在@MichaelChirico的肩膀上:
stopifnot(3 == length(find.package(c('foo', 'bar', 'baz'))))
达森·k和我有一个吃豆人包可以很好地做到这一点。包中的p_load函数执行此操作。第一行代码只是为了确保安装了pacman。
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load(package1, package2, package_n)
