最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。
是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?
最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。
是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?
当前回答
我想贡献一下我用的:
testin <- function(package){if (!package %in% installed.packages())
install.packages(package)}
testin("packagename")
其他回答
if (!require('ggplot2')) install.packages('ggplot2'); library('ggplot2')
“ggplot2”是包。它检查包是否安装,如果没有安装,就安装它。然后不管它采用哪个分支,它都会加载包。
今天,我偶然发现了rlang包提供的两个方便函数,即is_installed()和check_installed()。
从帮助页面(强调添加):
These functions check that packages are installed with minimal side effects. If installed, the packages will be loaded but not attached. is_installed() doesn't interact with the user. It simply returns TRUE or FALSE depending on whether the packages are installed. In interactive sessions, check_installed() asks the user whether to install missing packages. If the user accepts, the packages are installed [...]. If the session is non interactive or if the user chooses not to install the packages, the current evaluation is aborted.
interactive()
#> [1] FALSE
rlang::is_installed(c("dplyr"))
#> [1] TRUE
rlang::is_installed(c("foobarbaz"))
#> [1] FALSE
rlang::check_installed(c("dplyr"))
rlang::check_installed(c("foobarbaz"))
#> Error:
#> ! The package `foobarbaz` is required.
由reprex包在2022-03-25创建(v2.0.1)
您可以简单地使用setdiff函数获取未安装的包,然后安装它们。在下面的示例中,我们在安装ggplot2和Rcpp包之前检查它们是否已经安装。
unavailable <- setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages()))
install.packages(unavailable)
在一行中,上面的内容可以写成:
install.packages(setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages())))
在我的例子中,我想要一个可以从命令行(实际上是通过Makefile)运行的一行程序。下面是一个安装“VGAM”和“feather”的例子,如果它们还没有安装:
R -e 'for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")'
在R内部,它就是:
for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")
除了前面的解之外,这里没有别的解:
我只说一句 我硬编码回购参数(以避免任何弹出窗口询问使用的镜像) 我不想费心定义一个在其他地方使用的函数
还要注意重要的字符。only=TRUE(如果没有它,require将尝试加载包p)。
有一个新的包(我是一个联合开发人员),Require,它是可复制工作流的一部分,这意味着函数在第一次运行或后续运行时产生相同的输出,也就是说,无论开始状态如何,最终状态都是相同的。下面安装任何缺失的包(我包含require = FALSE以严格解决最初的问题…通常我把这个设置为默认值,因为我通常希望它们加载到搜索路径)。
这两行位于我编写的每个脚本的顶部(根据需要调整包的选择),允许任何人在任何条件下(包括任何或所有依赖项缺失)使用脚本。
if (!require("Require")) install.packages("Require")
Require::Require(c("ggplot2", "Rcpp"), require = FALSE)
因此,您可以在脚本中使用它或将其传递给任何人。