最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。

是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?


当前回答

当前版本的RStudio(>=1.2)包含了一个功能,可以检测library()和require()调用中缺失的包,并提示用户安装它们:

检测丢失的R包 许多R脚本打开时调用library()和require()来加载执行所需的包。如果您打开一个R脚本,该脚本引用了您没有安装的包,RStudio现在将提供一次单击即可安装所有所需的包。不再重复输入install.packages(),直到错误消失! https://blog.rstudio.com/2018/11/19/rstudio-1-2-preview-the-little-things/

这似乎很好地解决了OP最初的问题:

他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。

其他回答

有一个新的包(我是一个联合开发人员),Require,它是可复制工作流的一部分,这意味着函数在第一次运行或后续运行时产生相同的输出,也就是说,无论开始状态如何,最终状态都是相同的。下面安装任何缺失的包(我包含require = FALSE以严格解决最初的问题…通常我把这个设置为默认值,因为我通常希望它们加载到搜索路径)。

这两行位于我编写的每个脚本的顶部(根据需要调整包的选择),允许任何人在任何条件下(包括任何或所有依赖项缺失)使用脚本。

if (!require("Require")) install.packages("Require")
Require::Require(c("ggplot2", "Rcpp"), require = FALSE)

因此,您可以在脚本中使用它或将其传递给任何人。

if (!require('ggplot2')) install.packages('ggplot2'); library('ggplot2')

“ggplot2”是包。它检查包是否安装,如果没有安装,就安装它。然后不管它采用哪个分支,它都会加载包。

pckg=c("shiny","ggplot2","dplyr","leaflet","lubridate","RColorBrewer","plotly","DT","shinythemes")

for(i in 1:length(pckg)) 
   {
      print(pckg[i])
      if (!is.element(pckg[i], installed.packages()[,1]))
      install.packages(pckg[i], dep = TRUE)
      require(pckg[i], character.only = TRUE)
}

我使用以下将检查包是否安装和依赖项是否更新,然后加载包。

p<-c('ggplot2','Rcpp')
install_package<-function(pack)
{if(!(pack %in% row.names(installed.packages())))
{
  update.packages(ask=F)
  install.packages(pack,dependencies=T)
}
 require(pack,character.only=TRUE)
}
for(pack in p) {install_package(pack)}

completeFun <- function(data, desiredCols) {
  completeVec <- complete.cases(data[, desiredCols])
  return(data[completeVec, ])
}

下面是我的代码:

packages <- c("dplyr", "gridBase", "gridExtra")
package_loader <- function(x){
    for (i in 1:length(x)){
        if (!identical((x[i], installed.packages()[x[i],1])){
            install.packages(x[i], dep = TRUE)
        } else {
            require(x[i], character.only = TRUE)
        }
    }
}
package_loader(packages)