最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户，并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。
是否有一种优雅的方式来调用installed.packages()，比较那些我正在加载和安装如果丢失?
当前回答
您可以简单地使用setdiff函数获取未安装的包，然后安装它们。在下面的示例中，我们在安装ggplot2和Rcpp包之前检查它们是否已经安装。
unavailable <- setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages()))
install.packages(unavailable)
在一行中，上面的内容可以写成:
install.packages(setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages())))
其他回答
让我分享一点疯狂:
c("ggplot2","ggsci", "hrbrthemes", "gghighlight", "dplyr") %>% # What will you need to load for this script?
(function (x) ifelse(t =!(x %in% installed.packages()),
install.packages(x[t]),
lapply(x, require)))
我使用以下函数安装包，如果require("<包>")退出包未发现错误。它将查询- CRAN和Bioconductor存储库，以查找丢失的包。
改编自约书亚·威利的原著， http://r.789695.n4.nabble.com/Install-package-automatically-if-not-there-td2267532.html
install.packages.auto <- function(x) {
x <- as.character(substitute(x))
if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) {
eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
} else {
#update.packages(ask= FALSE) #update installed packages.
eval(parse(text = sprintf("install.packages(\"%s\", dependencies = TRUE)", x)))
}
if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) {
eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
} else {
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
#biocLite(character(), ask=FALSE) #update installed packages.
eval(parse(text = sprintf("biocLite(\"%s\")", x)))
eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
}
}
例子:
install.packages.auto(qvalue) # from bioconductor
install.packages.auto(rNMF) # from CRAN
注:更新。packages(ask =FALSE) & biocLite(character()， ask=FALSE)将更新系统上所有已安装的软件包。这可能需要很长时间，并将其视为一个完整的R升级，这可能并不总是有保障的!
关于你的主要目标“安装他们还没有的库”。并且不管使用" installed .packages() "”。下面的函数掩码了require的原始函数。它尝试加载和检查命名包“x”，如果它没有安装，直接安装它，包括依赖项;最后正常加载。将函数名从'require'重命名为'library'以保持完整性。唯一的限制是包名应该加引号。
require <- function(x) {
if (!base::require(x, character.only = TRUE)) {
install.packages(x, dep = TRUE) ;
base::require(x, character.only = TRUE)
}
}
所以你可以加载和安装包的旧时尚的方式R。 要求(“ggplot2”) 要求(“Rcpp”)
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
if (!require("ggsci")) biocLite("ggsci")
我想贡献一下我用的:
testin <- function(package){if (!package %in% installed.packages())
install.packages(package)}
testin("packagename")
