最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。

是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?


当前回答

我使用以下函数安装包,如果require("<包>")退出包未发现错误。它将查询- CRAN和Bioconductor存储库,以查找丢失的包。

改编自约书亚·威利的原著, http://r.789695.n4.nabble.com/Install-package-automatically-if-not-there-td2267532.html

install.packages.auto <- function(x) { 
  x <- as.character(substitute(x)) 
  if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { 
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  } else { 
    #update.packages(ask= FALSE) #update installed packages.
    eval(parse(text = sprintf("install.packages(\"%s\", dependencies = TRUE)", x)))
  }
  if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { 
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  } else {
    source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    #biocLite(character(), ask=FALSE) #update installed packages.
    eval(parse(text = sprintf("biocLite(\"%s\")", x)))
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
  }
}

例子:

install.packages.auto(qvalue) # from bioconductor
install.packages.auto(rNMF) # from CRAN

注:更新。packages(ask =FALSE) & biocLite(character(), ask=FALSE)将更新系统上所有已安装的软件包。这可能需要很长时间,并将其视为一个完整的R升级,这可能并不总是有保障的!

其他回答

有一个新的包(我是一个联合开发人员),Require,它是可复制工作流的一部分,这意味着函数在第一次运行或后续运行时产生相同的输出,也就是说,无论开始状态如何,最终状态都是相同的。下面安装任何缺失的包(我包含require = FALSE以严格解决最初的问题…通常我把这个设置为默认值,因为我通常希望它们加载到搜索路径)。

这两行位于我编写的每个脚本的顶部(根据需要调整包的选择),允许任何人在任何条件下(包括任何或所有依赖项缺失)使用脚本。

if (!require("Require")) install.packages("Require")
Require::Require(c("ggplot2", "Rcpp"), require = FALSE)

因此,您可以在脚本中使用它或将其传递给任何人。

关于你的主要目标“安装他们还没有的库”。并且不管使用" installed .packages() "”。下面的函数掩码了require的原始函数。它尝试加载和检查命名包“x”,如果它没有安装,直接安装它,包括依赖项;最后正常加载。将函数名从'require'重命名为'library'以保持完整性。唯一的限制是包名应该加引号。

require <- function(x) { 
  if (!base::require(x, character.only = TRUE)) {
  install.packages(x, dep = TRUE) ; 
  base::require(x, character.only = TRUE)
  } 
}

所以你可以加载和安装包的旧时尚的方式R。 要求(“ggplot2”) 要求(“Rcpp”)

您可以简单地使用setdiff函数获取未安装的包,然后安装它们。在下面的示例中,我们在安装ggplot2和Rcpp包之前检查它们是否已经安装。

unavailable <- setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages()))
install.packages(unavailable)

在一行中,上面的内容可以写成:

install.packages(setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages())))

你可以使用require的返回值:

if(!require(somepackage)){
    install.packages("somepackage")
    library(somepackage)
}

我在安装后使用library,因为如果安装不成功或由于其他原因无法加载包,它将抛出异常。您可以使其更加健壮和可重用:

dynamic_require <- function(package){
  if(eval(parse(text=paste("require(",package,")")))) return(TRUE)
  
  install.packages(package)
  return(eval(parse(text=paste("require(",package,")"))))
}

此方法的缺点是必须以引号传递包名,而对于真正的require则不这样做。

我已经实现了无声安装和加载所需R包的功能。希望也许会有所帮助。代码如下:

# Function to Install and Load R Packages
Install_And_Load <- function(Required_Packages)
{
    Remaining_Packages <- Required_Packages[!(Required_Packages %in% installed.packages()[,"Package"])];

    if(length(Remaining_Packages)) 
    {
        install.packages(Remaining_Packages);
    }
    for(package_name in Required_Packages)
    {
        library(package_name,character.only=TRUE,quietly=TRUE);
    }
}

# Specify the list of required packages to be installed and load    
Required_Packages=c("ggplot2", "Rcpp");

# Call the Function
Install_And_Load(Required_Packages);