如果你实际上是在寻找图表库，而不是节点/边缘图库，我建议你挥霍大无面图库(BFG)。它比JFreeChart更容易使用，看起来更好，运行更快，有更多的输出选项，真的没有可比性。

如果你喜欢图形算法，JDSL (Java中的数据结构库)应该足够好了——http://www.cs.brown.edu/cgc/jdsl/

JUNG是一个很好的可视化选择，并且也有一组相当不错的可用图算法，包括几种不同的随机图创建、重布线等机制。我还发现，在必要的地方扩展和调整它通常相当容易。

在可视化方面，我们小组取得了一些成功。我们扩展了它来处理建筑地板和气泡图，它没有太多抱怨。他们也推出了一个新的Flex工具包，叫做Flare，它使用了非常相似的API。

更新: 我不得不同意这个评论，我们最终写了很多自定义功能/围绕prefuse限制工作。我不能说从头开始会更好，因为我们能够从第一天开始使用prefuse来演示进度。另一方面，如果我们正在做相同东西的第二个实现，我可能会跳过prefuse，因为我们会更好地理解需求。

http://incubator.apache.org/hama/是Hadoop上用于大量矩阵和图形数据的分布式科学软件包。

查看蓝图:

蓝图是属性图数据模型的接口、实现、实现和测试套件的集合。蓝图类似于JDBC，但用于图形数据库。在TinkerPop开源软件堆栈中，蓝图作为基础技术用于:

管道:一个惰性的数据流框架

Gremlin:一种图遍历语言

框架:对象到图的映射器

熔炉:一个图形算法包

Rexster:图形服务器