JGraphT是一个非常简单而强大的Java图形库，它做得非常好，为了消除任何困惑，它与JGraph不同。一些示例代码:

UndirectedGraph<String, DefaultEdge> g =
        new SimpleGraph<String, DefaultEdge>(DefaultEdge.class);

    String v1 = "v1";
    String v2 = "v2";
    String v3 = "v3";
    String v4 = "v4";

    // add the vertices
    g.addVertex(v1);
    g.addVertex(v2);
    g.addVertex(v3);
    g.addVertex(v4);

    // add edges to create a circuit
    g.addEdge(v1, v2);
    g.addEdge(v2, v3);
    g.addEdge(v3, v4);
    g.addEdge(v4, v1);

在可视化方面，我们小组取得了一些成功。我们扩展了它来处理建筑地板和气泡图，它没有太多抱怨。他们也推出了一个新的Flex工具包，叫做Flare，它使用了非常相似的API。

更新: 我不得不同意这个评论，我们最终写了很多自定义功能/围绕prefuse限制工作。我不能说从头开始会更好，因为我们能够从第一天开始使用prefuse来演示进度。另一方面，如果我们正在做相同东西的第二个实现，我可能会跳过prefuse，因为我们会更好地理解需求。

java中的教学图算法实现可以在这里找到(由教授Sedgewick等人): http://algs4.cs.princeton.edu/code/

我是在coursera上参加这些优秀的算法课程时被介绍给他们的(也由Sedgewick教授教授):

https://www.coursera.org/course/algs4partI

https://www.coursera.org/course/algs4partII

在一个大学项目中，我摆弄了yWorks的yFiles，发现它有很好的API。

如果你实际上是在寻找图表库，而不是节点/边缘图库，我建议你挥霍大无面图库(BFG)。它比JFreeChart更容易使用，看起来更好，运行更快，有更多的输出选项，真的没有可比性。

JUNG是一个很好的可视化选择，并且也有一组相当不错的可用图算法，包括几种不同的随机图创建、重布线等机制。我还发现，在必要的地方扩展和调整它通常相当容易。