当您处于这种状态时，尝试执行Rebuild-All。如果这解决了问题，您可能会遇到与我相同的问题。

一些背景(我的理解):

SQLite has 1 managed assembly (System.Data.SQLite.dll) and several platform specific assemblies (SQLite.Interop.dll). When installing SQLite with Nuget, Nuget will add the platform specific assemblies to your project (within several folders: \x86, \x64), and configures these dlls to "Copy Always". Upon load, the managed assembly will search for platform specific assemblies inside the \x86 and \x64 folders. You can see more on that here. The exception is this managed assembly attempting to find the relevant (SQLite.Interop.dll) inside these folders (and failing).

我的情况:

我的解决方案中有两个项目;一个WPF应用程序和一个类库。WPF应用程序引用类库，类库引用SQLite(通过Nuget安装)。

对我来说，问题是当我只修改WPF应用程序时，VS试图进行部分重建(意识到依赖的dll没有改变)。在这个过程的某个地方，VS清理了\x86和\x64文件夹的内容(清除了SQLite.Interop.dll)。当我做一个完整的Rebuild-All时，VS正确地复制文件夹及其内容。

我的解决方案:

为了解决这个问题，我添加了一个Post-Build进程，使用xcopy强制将\x86和\x64文件夹从类库复制到我的WPF项目\bin目录。

或者，您可以使用构建配置/输出目录做一些更花哨的事情。

扩展Kugel的回答，这对我来说是有效的(VS2015 Enterprise)，利用dll中的SQLite，可以在构建和测试后从主项目中删除Nuget包:

1.安装Nuget包到主项目。

Install-Package System.Data.SQLite

2.构建应用程序并测试Sqlite连接是否正常工作:

select * from sqlite_master

3.从主版本卸载Nuget包。

UnInstall-Package System.Data.SQLite

4.手动删除SQLite和EntityFramework的dll引用:

System.Data.SQLite
System.Data.SQLite.EF6
System.Data.SQLite.Linq

从主项目的“包”中删除Xml引用。配置”XML文件。

这对我来说很有效，使我的项目保持干净。

我在这个问题上挣扎了很长一段时间，偶尔会发现测试设置不正确。请看这张图片:

我只要取消测试设置，问题就消失了。否则会出现异常。 希望这能帮助到一些人。 不确定这是根本原因。

我想到了一个解决办法。

在我的例子中，我使用的是Microsoft Visual Studio安装程序项目。 安装项目看不到来自主要输出的x64和x86文件夹和内容。

解决方案:

将x64和x86文件夹都添加到安装程序中的应用程序文件夹中。 添加两个文件夹的内容。

这将允许安装程序复制SQLite工作所需的DLL文件。

我正在做一个简单的控制台应用程序，向SQLite数据库添加一些测试数据，并得到这个错误。项目的配置是“Any CPU”。我通过将SQLite.Interop.dll复制到bin\debug文件夹来修复它。更好的方法是使用@Wil的方法，但是如何为“任何CPU”配置指定该方法呢?

正如SQLite wiki所说，你的应用程序部署必须是:

所以你要遵守规则。找到与您的目标平台匹配的dll，并将其放在图片中描述的位置。dll可以在YourSolution/packages/System.Data.SQLite.Core.%version%/中找到。

我有应用程序部署的问题，所以我只是添加了正确的SQLite.Interop.dll到我的项目中，在安装项目中添加了x86文件夹到applicicationfolder，并添加了文件引用到dll。