我不知道这是否是一个好的答案，但我能够通过在AppDomain下以“本地系统”的身份运行我的应用程序来解决这个问题。

因为这个问题的复杂性，我想在这里发表。我的解决方案是回滚到。net 4.0。我已经测试了3天了，还不能让System.Data.SQLite.Core.1.0.98.0与. net 4.5或. net 4.5.1一起工作。

测试在3台计算机、2台服务器和一台开发PC上进行。我还没能找到问题的根源。我已经尝试编辑.vsproj文件。我已经将SQLite.interop.dll添加到所有文件夹中。我已经将包应用到所有GAC文件夹，并单独删除和重新应用。最终删除。

我有System.Data.SQLite.Core.1.0.98.0与。net 4.0一起工作。我打算继续尝试迁移，但我想我会先开始一个新项目，看看我是否能让它以那种方式工作。它最初是一个。net 3.5 web应用程序，在我的旅行中，我发现大量的信息仍然引用了这个框架。

我尝试了几乎所有的解决方案，但没有任何运气。最终解决这个问题的方法是将我选择的平台对应的SQLite.Interop.dll的副本直接放在我的安装项目的根目录下。

我不知道为什么它起作用了，但它确实起了作用。

对于任何关注这个问题的人来说:

如果您使用nuget包，它会安装一个构建规则，为您执行复制。(参见System.Data.SQLite.Core.1.0.94.0\build -或任何你安装的Core版本)。

nuget安装程序会自动将规则添加到项目文件中。

但是，这仍然不能解决测试用例问题。deploymenttem (https://stackoverflow.com/a/24411049/89584)方法似乎是惟一可行的方法。

还添加了dll到测试项目(通过Nuget管理器)，它修复了它。

超过30个答案，但我用了不同的方法。

我有两个独立的项目。一个Windows服务，和一个Windows窗体应用程序。应用程序引用WS项目，两者都引用SQLite核心nuget包。

在构建WS项目时，有x64和x32文件夹。但在构建应用程序时，文件夹不会显示出来。

检查这里的答案，我不能让他们工作。但是我发现WS项目中有以下代码片段，而App项目中没有。我添加了它，现在文件夹显示正确。

<Import Project="..\packages\System.Data.SQLite.Core.1.0.112.0\build\net46\System.Data.SQLite.Core.targets" Condition="Exists('..\packages\System.Data.SQLite.Core.1.0.112.0\build\net46\System.Data.SQLite.Core.targets')" />