我不知道这是否是一个好的答案，但我能够通过在AppDomain下以“本地系统”的身份运行我的应用程序来解决这个问题。

所以，我的问题是SQLite试图在WPF的设计时加载。由于我只关心x86环境，所以我将CPU首选项设置为x86环境，并将Nuget包中的SQLite.Interop.dll复制到解决方案的根目录。重新启动解决方案，所有问题都消失了。因此，如果遇到设计时问题，请将库放到解决方案的根目录中。

此外，我在运行时遇到了类似的问题，所以我必须将SQLite.Interop.dll的副本放入我的项目中，并将其设置为复制，如果它在属性中较新的。似乎x86和x64提供的文件夹是完全无用的。还需要进一步的调查，但总的来说…在你的项目中手动引用SQLite比使用Nuget包更容易。

此外，官方常见问题解答如下:

(20) When the System.Data.SQLite project is compiled and run from inside Visual Studio, why do I get a DllNotFoundException or a BadImageFormatException (for "sqlite3.dll" or "SQLite.Interop.dll") when trying to run or debug the application? When compiling and running a solution from within Visual Studio that uses the System.Data.SQLite project (including the test project), it is very important to select the correct build configuration and platform. First, managed applications to be debugged inside Visual Studio cannot use the mixed-mode assembly (i.e. because it is always compiled to the platform-specific build output directory). This is necessary to properly support building binaries for multiple platforms using the same source project files. Therefore, only the "DebugNativeOnly" or "ReleaseNativeOnly" build configurations should be selected when running a managed application from inside Visual Studio that relies upon the System.Data.SQLite assembly. These build configurations contain a custom post-build step that copies the required native assembly to the managed output directory (i.e. to enable running the managed binaries in-place). However, this post-build step will only be performed if the selected platform matches that of the operating system (e.g. "Win32" for 32-bit Windows and "x64" for 64-bit Windows). Therefore, it is good practice to double-check the selected build platform against the operating system prior to attempting to run a managed project in the solution.

https://system.data.sqlite.org/index.html/doc/trunk/www/faq.wiki#q20

扩展Kugel的回答，这对我来说是有效的(VS2015 Enterprise)，利用dll中的SQLite，可以在构建和测试后从主项目中删除Nuget包:

1.安装Nuget包到主项目。

Install-Package System.Data.SQLite

2.构建应用程序并测试Sqlite连接是否正常工作:

select * from sqlite_master

3.从主版本卸载Nuget包。

UnInstall-Package System.Data.SQLite

4.手动删除SQLite和EntityFramework的dll引用:

System.Data.SQLite
System.Data.SQLite.EF6
System.Data.SQLite.Linq

从主项目的“包”中删除Xml引用。配置”XML文件。

这对我来说很有效，使我的项目保持干净。

我想到了一个解决办法。

在我的例子中，我使用的是Microsoft Visual Studio安装程序项目。 安装项目看不到来自主要输出的x64和x86文件夹和内容。

解决方案:

将x64和x86文件夹都添加到安装程序中的应用程序文件夹中。 添加两个文件夹的内容。

这将允许安装程序复制SQLite工作所需的DLL文件。

对于任何关注这个问题的人来说:

如果您使用nuget包，它会安装一个构建规则，为您执行复制。(参见System.Data.SQLite.Core.1.0.94.0\build -或任何你安装的Core版本)。

nuget安装程序会自动将规则添加到项目文件中。

但是，这仍然不能解决测试用例问题。deploymenttem (https://stackoverflow.com/a/24411049/89584)方法似乎是惟一可行的方法。

来自NuGet的多体系结构(x86, x64)版本SQLite的默认安装显示了您所描述的行为。如果你想加载。net运行时选择在你的机器上运行你的应用程序的实际体系结构的正确版本，那么你可以给DLL加载器一个关于在哪里找到正确库的提示，如下所示:

在Program.Main()之前添加kernel32.dll函数调用SetDLLDirectory()的声明:

    [System.Runtime.InteropServices.DllImport("kernel32.dll", CharSet = System.Runtime.InteropServices.CharSet.Unicode, SetLastError = true)]
    [return: System.Runtime.InteropServices.MarshalAs(System.Runtime.InteropServices.UnmanagedType.Bool)]
    static extern bool SetDllDirectory(string lpPathName);

然后使用您自己的方法确定正确的子目录，以找到'SQLite.Interop.dll'的特定于体系结构的版本。我使用以下代码:

    [STAThread]
    static void Main()
    {
        int wsize = IntPtr.Size;
        string libdir = (wsize == 4)?"x86":"x64";
        string appPath = System.IO.Path.GetDirectoryName(Application.ExecutablePath);
        SetDllDirectory(System.IO.Path.Combine(appPath, libdir));