我在多个项目的解决方案中遇到了类似的问题。SQLite.Interop.dll对于使用ClickOnce随软件发布的一个插件是必要的。

在visual studio中调试一切正常，但是部署的版本缺少包含DLL的文件夹x86/和x64/。

使用ClickOnce让它在部署后工作的解决方案是在解决方案的启动项目(也是正在发布的项目)中创建这两个子文件夹，将dll复制到其中，并将它们设置为Content copy Always。

通过这种方式，ClickOnce发布工具自动将这些文件和文件夹包含在清单中，并使用它们部署软件

更新NuGet从工具->扩展和更新和重新安装SQLite。使用命令PM> Update-Package -重装System.Data.SQLite.Core为我修复了它。

这是我在我的项目中解决它的方法。

它正在工作，当一位同事提交他的更改时，我收到了“无法加载DLL 'SQLite.Interop.dll'”异常。

区别项目的.csproj文件，这是在NON-WORKING版本中:

<ItemGroup>
     <Content Include="x64\SQLite.Interop.dll" />
     <Content Include="x86\SQLite.Interop.dll" />
</ItemGroup>

下面是WORKING版本的内容:

<ItemGroup>
     <Content Include="x64\SQLite.Interop.dll">
          <CopyToOutputDirectory>Always</CopyToOutputDirectory>
      </Content>
      <Content Include="x86\SQLite.Interop.dll">
          <CopyToOutputDirectory>Always</CopyToOutputDirectory>
      </Content>
</ItemGroup>

在返回之后，我没有收到异常。DLL文件被转储到适当的Debug\x64 (etc)文件夹中。

我的应用程序是一个web应用程序(ASP。NET MVC)，我不得不改变应用程序池下运行的LocalSystem而不是ApplicationPoolIdentity。这样做:

打开IIS管理器 找到站点正在运行的应用程序池。 从操作中单击高级设置 将Identity更改为LocalSystem

我不知道为什么这会解决这个问题。

扩展Kugel的回答，这对我来说是有效的(VS2015 Enterprise)，利用dll中的SQLite，可以在构建和测试后从主项目中删除Nuget包:

1.安装Nuget包到主项目。

Install-Package System.Data.SQLite

2.构建应用程序并测试Sqlite连接是否正常工作:

select * from sqlite_master

3.从主版本卸载Nuget包。

UnInstall-Package System.Data.SQLite

4.手动删除SQLite和EntityFramework的dll引用:

System.Data.SQLite
System.Data.SQLite.EF6
System.Data.SQLite.Linq

从主项目的“包”中删除Xml引用。配置”XML文件。

这对我来说很有效，使我的项目保持干净。

所以，我的问题是SQLite试图在WPF的设计时加载。由于我只关心x86环境，所以我将CPU首选项设置为x86环境，并将Nuget包中的SQLite.Interop.dll复制到解决方案的根目录。重新启动解决方案，所有问题都消失了。因此，如果遇到设计时问题，请将库放到解决方案的根目录中。

此外，我在运行时遇到了类似的问题，所以我必须将SQLite.Interop.dll的副本放入我的项目中，并将其设置为复制，如果它在属性中较新的。似乎x86和x64提供的文件夹是完全无用的。还需要进一步的调查，但总的来说…在你的项目中手动引用SQLite比使用Nuget包更容易。

此外，官方常见问题解答如下:

(20) When the System.Data.SQLite project is compiled and run from inside Visual Studio, why do I get a DllNotFoundException or a BadImageFormatException (for "sqlite3.dll" or "SQLite.Interop.dll") when trying to run or debug the application? When compiling and running a solution from within Visual Studio that uses the System.Data.SQLite project (including the test project), it is very important to select the correct build configuration and platform. First, managed applications to be debugged inside Visual Studio cannot use the mixed-mode assembly (i.e. because it is always compiled to the platform-specific build output directory). This is necessary to properly support building binaries for multiple platforms using the same source project files. Therefore, only the "DebugNativeOnly" or "ReleaseNativeOnly" build configurations should be selected when running a managed application from inside Visual Studio that relies upon the System.Data.SQLite assembly. These build configurations contain a custom post-build step that copies the required native assembly to the managed output directory (i.e. to enable running the managed binaries in-place). However, this post-build step will only be performed if the selected platform matches that of the operating system (e.g. "Win32" for 32-bit Windows and "x64" for 64-bit Windows). Therefore, it is good practice to double-check the selected build platform against the operating system prior to attempting to run a managed project in the solution.

https://system.data.sqlite.org/index.html/doc/trunk/www/faq.wiki#q20