我的应用程序是一个web应用程序(ASP。NET MVC)，我不得不改变应用程序池下运行的LocalSystem而不是ApplicationPoolIdentity。这样做:

打开IIS管理器 找到站点正在运行的应用程序池。 从操作中单击高级设置 将Identity更改为LocalSystem

我不知道为什么这会解决这个问题。

我知道我来晚了，但在我今天下载了最新的x86/x64(版本1.0.88.0)后，我就遇到了这个问题。我在VS2012中的本地IIS默认运行32位，没有简单的方法切换到x64。我的生产服务器运行64位。

无论如何，我安装了NuGet包到一个DLL项目，我得到了这个错误。为了让它工作，我必须把它安装到主站点项目中。即使它根本不涉及SQLite类。

我的猜测是SQLite使用入口程序集来检测要加载哪个版本的Interop。

如果您下载了正确的SQLite二进制文件，则根据项目构建选项将SQLite. interop .dll复制到您的发布或调试文件夹中。

因为这个问题的复杂性，我想在这里发表。我的解决方案是回滚到。net 4.0。我已经测试了3天了，还不能让System.Data.SQLite.Core.1.0.98.0与. net 4.5或. net 4.5.1一起工作。

测试在3台计算机、2台服务器和一台开发PC上进行。我还没能找到问题的根源。我已经尝试编辑.vsproj文件。我已经将SQLite.interop.dll添加到所有文件夹中。我已经将包应用到所有GAC文件夹，并单独删除和重新应用。最终删除。

我有System.Data.SQLite.Core.1.0.98.0与。net 4.0一起工作。我打算继续尝试迁移，但我想我会先开始一个新项目，看看我是否能让它以那种方式工作。它最初是一个。net 3.5 web应用程序，在我的旅行中，我发现大量的信息仍然引用了这个框架。

我自己也遇到过这个问题，但事实证明是另一个原因:

System.DllNotFoundException was caught 
Unable to load DLL 'SQLite.Interop.dll': Access is denied. 

在这种情况下，代码是从IIS托管的web服务(为x86版本配置)中(间接地)调用的。我最终在IIS的应用程序池中找到了它:最初我使用的是“ASP。NET V4.0集成”(这导致了这个错误)，但当我把它改成“DefaultAppPool”时，问题就消失了。

(唷!)

扩展Kugel的回答，这对我来说是有效的(VS2015 Enterprise)，利用dll中的SQLite，可以在构建和测试后从主项目中删除Nuget包:

1.安装Nuget包到主项目。

Install-Package System.Data.SQLite

2.构建应用程序并测试Sqlite连接是否正常工作:

select * from sqlite_master

3.从主版本卸载Nuget包。

UnInstall-Package System.Data.SQLite

4.手动删除SQLite和EntityFramework的dll引用:

System.Data.SQLite
System.Data.SQLite.EF6
System.Data.SQLite.Linq

从主项目的“包”中删除Xml引用。配置”XML文件。

这对我来说很有效，使我的项目保持干净。