我通常会这样做:

use sourcedatabase;
var docs=db.sourcetable.find();
use targetdatabase;
docs.forEach(function(doc) { db.targettable.insert(doc); });

这里有很多正确答案。我会选择mongodump和mongorestore作为一个大的收藏:

mongodump --db fromDB --gzip --archive | mongorestore --drop --gzip --archive --nsFrom "fromDB.collectionName" --nsTo "toDB.collectionName"

虽然如果我想快速复制，它很慢，但它是有效的:

use fromDB 
db.collectionName.find().forEach(function(x){
   db.getSiblingDB('toDB')['collectionName'].insert(x);
});"

对于大容量的集合，可以使用Bulk.insert()

var bulk = db.getSiblingDB(dbName)[targetCollectionName].initializeUnorderedBulkOp();
db.getCollection(sourceCollectionName).find().forEach(function (d) {
    bulk.insert(d);
});
bulk.execute();

这将节省很多时间。 在我的例子中，我用1219个文档复制集合:iter vs Bulk(67秒vs 3秒)

这可能只是一个特殊情况，但对于一个包含100k文档的集合，其中包含两个随机字符串字段(长度为15-20个字符)，使用哑mapreduce几乎是find-insert/copyTo速度的两倍:

db.coll.mapReduce(function() { emit(this._id, this); }, function(k,vs) { return vs[0]; }, { out : "coll2" })

实际上，有一个命令用于将集合从一个数据库移动到另一个数据库。它只是不叫“移动”或“复制”。

若要复制集合，可以在同一数据库上克隆它，然后移动克隆的集合。

克隆:

> use db1
switched to db db1

> db.source_collection.find().forEach(
      function(x){
          db.collection_copy.insert(x)
      }
  );

移动:

> use admin
switched to db admin

> db.runCommand(
      {
          renameCollection: 'db1.source_collection',
          to              : 'db2.target_collection'
      }
  );

其他答案更适合复制集合，但如果您希望移动集合，这个答案尤其有用。

如果在两个远程mongod实例之间，则使用

{ cloneCollection: "<collection>", from: "<hostname>", query: { <query> }, copyIndexes: <true|false> } 

参见http://docs.mongodb.org/manual/reference/command/cloneCollection/