我试图读取一个大的csv文件(aprox。6 GB)在熊猫和我得到一个内存错误:

MemoryError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-58-67a72687871b> in <module>()
----> 1 data=pd.read_csv('aphro.csv',sep=';')

...

MemoryError: 

有什么帮助吗?


当前回答

如果有人还在寻找这样的东西,我发现这个名为modin的新库可以提供帮助。它使用分布式计算来帮助读取。这里有一篇不错的文章将其功能与熊猫进行了比较。它本质上使用与熊猫相同的功能。

import modin.pandas as pd
pd.read_csv(CSV_FILE_NAME)

其他回答

函数read_csv和read_table几乎是一样的。但在程序中使用read_table函数时,必须分配分隔符“,”。

def get_from_action_data(fname, chunk_size=100000):
    reader = pd.read_csv(fname, header=0, iterator=True)
    chunks = []
    loop = True
    while loop:
        try:
            chunk = reader.get_chunk(chunk_size)[["user_id", "type"]]
            chunks.append(chunk)
        except StopIteration:
            loop = False
            print("Iteration is stopped")

    df_ac = pd.concat(chunks, ignore_index=True)

对于大数据,我建议你使用"dask"库,例如:

# Dataframes implement the Pandas API
import dask.dataframe as dd
df = dd.read_csv('s3://.../2018-*-*.csv')

你可以在这里阅读更多的文档。

另一个很好的选择是使用modin,因为所有的功能都与pandas相同,但它利用了分布式数据框架库,如dask。

在我的项目中,另一个高级库是数据表。

# Datatable python library
import datatable as dt
df = dt.fread("s3://.../2018-*-*.csv")

解决方案1:

使用大数据的熊猫

解决方案2:

TextFileReader = pd.read_csv(path, chunksize=1000)  # the number of rows per chunk

dfList = []
for df in TextFileReader:
    dfList.append(df)

df = pd.concat(dfList,sort=False)

你可以尝试sframe,它和pandas有相同的语法,但是允许你操作比你的RAM大的文件。

如果有人还在寻找这样的东西,我发现这个名为modin的新库可以提供帮助。它使用分布式计算来帮助读取。这里有一篇不错的文章将其功能与熊猫进行了比较。它本质上使用与熊猫相同的功能。

import modin.pandas as pd
pd.read_csv(CSV_FILE_NAME)