如果您有一个非常非常大的项目——大到足以让Doxygen运行一个多小时——您可以将其分割成多个模块，然后Doxygen使用标记文件将其链接在一起。

例如，如果您有一个大的MSVC解决方案，其中包含20个项目，您可以让目录运行自己的Doxygen，然后使用标记文件将输出粘合在一起，就像链接器将.libs粘合在一起以生成可执行文件一样。

您甚至可以更字面地理解链接的比喻，使每个Doxy配置文件对应于一个.vcproj文件，这样每个项目(例如.lib或.dll)都得到自己的Doxy输出。

一个好的“最佳实践”(虽然并不总是可以实现)是为每个API提供简短的工作示例，并使用\ inclelineno(或\include表示没有行号)将它们拉入帮助。这些可以是单元测试，如果它们的编写是为了让用户能够理解它们(也就是说，没有连接到更大的测试工具中)。作为一个不错的副作用，对API的更改将破坏样本，因此它们必须保持最新。

你可以用文字来描述API，但是没有什么比看到实际的代码来理解如何使用它更好的了。

使用@mainpage写一个描述性的主页(在一个单独的头文件中)。考虑一下，如我的例子所示，让它成为你的主要类/函数和模块的指南。

另一个样本

当我把上面链接的主oofile doxygen内容重新上线时，这里有一个使用Markdown格式的当前客户工作的示例。使用Markdown，您可以参考Markdown中的主页(在Doxygen设置中)，这对于典型的自述me非常有用。Md文件包含在开源项目中。

Lingopal
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Developer Documentation started when Andy Dent took over support in May 2014. 

There are a number of pages in Markdown format which explain key aspects:

- @ref doc/LingopalBuilding.md
- @ref doc/LingopalSigning.md
- @ref doc/LingopalDatabases.md
- @ref doc/LingopalExternals.md

See the <a href="pages.html">Related Pages list for more.</a>

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_Note_

These pages, whilst readable by themselves, are designed to be run through the [Doxygen](http://www.doxygen.com) code documentation engine which builds an entire local cross-referenced set of docs. It uses a minor [extension of Markdown formatting.](http://www.stack.nl/~dimitri/doxygen/manual/markdown.html)

The settings to generate the documentation are `Lingopal.doxy` and `LingopalDocOnly.doxy`. The latter is used for quick re-generation of just these additional pages.

对于复杂的项目，有一个单独的模块管理文件可能很有用，它控制组和子组。整个层次结构可以在一个地方，然后每个文件可以简单地填充到子组中。例如:

/**
 * @defgroup example Top Level Example Group
 * @brief    The Example module.
 *
 * @{
 */

/**
 * @defgroup example_child1 First Child of Example
 * @brief    1st of 2 example children.
 */

/**
 * @defgroup example_child2 Second Child of Example
 * @brief    2nd of 2 example children.
 */

// @}

简单地在另一个组的{}中包含一个组的定义，使其成为该组的子组。然后在代码和头文件中，函数可以被标记为它们所在的任何组的一部分，这一切都可以在完成的文档中工作。它使得重构文档以匹配重构代码更加容易。

我使用一个subversion post-commit钩子来提取已经更改的目录，将它们写入一个文件，然后每天晚上我自动在我们的web服务器上重新生成doxygen html，这样我们总是有最新的docco。

我想要记录的每个项目都有一个小项目。Doxy文件，包含每个项目的设置和一个包含到主doxygen设置-例如:

PROJECT_NAME           = "AlertServer"
PROJECT_NUMBER         = 8.1.2
INPUT                  = "C:/Dev/src/8.1.2/Common/AlertServer"
HTML_OUTPUT            = "AlertServer"
@INCLUDE = "c:\dev\CommonConfig.doxy"

对于Windows SVN服务器，使用钩子:

@echo off
for /F "eol=¬ delims=¬" %%A in ('svnlook dirs-changed %1 -r %2') do echo %%A >> c:\svn_exports\export.txt

然后每晚运行:

@echo off

rem ---------------
rem remove duplicates.
type nul> %TEMP%.\TEMP.txt

for /F "eol=¬ delims=¬" %%a in (c:\svn_exports\export.txt) do (
 findstr /L /C:"%%a" < %TEMP%.\TEMP.txt > nul
 if errorlevel=1 echo %%a>> %TEMP%.\TEMP.txt
)

copy /y %TEMP%.\TEMP.txt export_uniq.cmd >nul
if exist %TEMP%.\TEMP.txt del %TEMP%.\TEMP.txt


rem ---------------
rem fetch all the recently changed directories into the svn_exports directory

for /F "eol=¬ delims=¬" %%A in (c:\svn_exports\export_uniq.cmd) do (
  svn export "file:///d:/repos/MyRepo/%%A" "c:/svn_exports/%%A"  --force 
)


rem ---------------
rem search through all dirs for any config files, if found run doxygen

for /R c:\svn_exports %%i in (*.doxy) do c:\tools\doxygen\bin\doxygen.exe "%i"


rem ---------------
rem now remove the directories to be generated.
del /F c:\svn_exports

这将删除重复的条目，找到具有.doxy项目文件的所有项目，并在它们上运行doxygen。瞧:在web服务器上有完整的文档，总是最新的代码。

当我发现自己在高分辨率的屏幕上编辑代码时，我已经从使用反斜杠转向使用@前缀的Doxygen命令。不那么嘈杂的反斜杠发现自己现在太难以分辨出Doxygen命令。