显而易见的方法是使用shutil，就像第二个顶级答案所说的那样，但如果出于某种原因，您仍然希望使用ZipFile，并且如果您在执行此操作时遇到一些问题（如Windows等中的ERR 13），您可以使用此修复程序：

import os
import zipfile

def retrieve_file_paths(dirName):
  filePaths = []
  for root, directories, files in os.walk(dirName):
    for filename in files:
        filePath = os.path.join(root, filename)
        filePaths.append(filePath)
  return filePaths
 
def main(dir_name, output_filename):
  filePaths = retrieve_file_paths(dir_name)
   
  zip_file = zipfile.ZipFile(output_filename+'.zip', 'w')
  with zip_file:
    for file in filePaths:
      zip_file.write(file)

main("my_dir", "my_dir_archived")

该方法递归地遍历给定文件夹中的每个子文件夹/文件，并将它们写入zip文件，而不是尝试直接压缩文件夹。

如何在Python中创建目录结构的zip存档？

在Python脚本中

在Python 2.7+中，shutil有一个make_archive函数。

from shutil import make_archive
make_archive(
  'zipfile_name', 
  'zip',           # the archive format - or tar, bztar, gztar 
  root_dir=None,   # root for archive - current working dir if None
  base_dir=None)   # start archiving from here - cwd if None too

在这里，压缩的归档文件将命名为zipfile_name.zip。如果base_dir距离root_dir更远，它将排除不在base_dir中的文件，但仍将父目录中的文件归档到root_dir。

我在Cygwin上用2.7测试这个时确实遇到了问题——它需要一个root_dir参数，用于cwd：

make_archive('zipfile_name', 'zip', root_dir='.')

从shell使用Python

您也可以使用zipfile模块从shell中使用Python执行此操作：

$ python -m zipfile -c zipname sourcedir

其中zipname是所需目标文件的名称（如果需要，请添加.zip，它不会自动执行），sourcedir是目录的路径。

压缩Python（或者只是不需要父目录）：

如果您试图用__init__.py和__main__.py压缩一个python包，并且不需要父目录

$ python -m zipfile -c zipname sourcedir/*

And

$ python zipname

将运行程序包。（请注意，不能将子包作为压缩存档的入口点运行。）

压缩Python应用程序：

如果您有python3.5+，并且特别想压缩Python包，请使用ziapp:

$ python -m zipapp myapp
$ python myapp.pyz

如果您想要一个类似于任何通用图形文件管理器的压缩文件夹的功能，可以使用以下代码，它使用zipfile模块。使用这段代码，您将得到以路径为根文件夹的zip文件。

import os
import zipfile

def zipdir(path, ziph):
    # Iterate all the directories and files
    for root, dirs, files in os.walk(path):
        # Create a prefix variable with the folder structure inside the path folder. 
        # So if a file is at the path directory will be at the root directory of the zip file
        # so the prefix will be empty. If the file belongs to a containing folder of path folder 
        # then the prefix will be that folder.
        if root.replace(path,'') == '':
                prefix = ''
        else:
                # Keep the folder structure after the path folder, append a '/' at the end 
                # and remome the first character, if it is a '/' in order to have a path like 
                # folder1/folder2/file.txt
                prefix = root.replace(path, '') + '/'
                if (prefix[0] == '/'):
                        prefix = prefix[1:]
        for filename in files:
                actual_file_path = root + '/' + filename
                zipped_file_path = prefix + filename
                zipf.write( actual_file_path, zipped_file_path)


zipf = zipfile.ZipFile('Python.zip', 'w', zipfile.ZIP_DEFLATED)
zipdir('/tmp/justtest/', zipf)
zipf.close()

现代Python（3.6+）使用pathlib模块对路径进行类似OOP的简洁处理，使用pathlib.Path.rglob（）进行递归globing。据我所知，这相当于乔治·V·莱利的回答：压缩压缩，最顶层的元素是目录，保持空目录，使用相对路径。

from pathlib import Path
from zipfile import ZIP_DEFLATED, ZipFile

from os import PathLike
from typing import Union


def zip_dir(zip_name: str, source_dir: Union[str, PathLike]):
    src_path = Path(source_dir).expanduser().resolve(strict=True)
    with ZipFile(zip_name, 'w', ZIP_DEFLATED) as zf:
        for file in src_path.rglob('*'):
            zf.write(file, file.relative_to(src_path.parent))

注意：如可选类型提示所示，zip_name不能是Path对象（将在3.6.2+中修复）。

我通过将Mark Byers的解决方案与Reimund和Morten Zilmer的评论（相对路径和包括空目录）合并，准备了一个函数。作为最佳实践，在ZipFile的文件构造中使用。

该函数还准备一个带有压缩目录名和“.zip”扩展名的默认zip文件名。因此，它只使用一个参数：要压缩的源目录。

import os
import zipfile

def zip_dir(path_dir, path_file_zip=''):
if not path_file_zip:
    path_file_zip = os.path.join(
        os.path.dirname(path_dir), os.path.basename(path_dir)+'.zip')
with zipfile.ZipFile(path_file_zip, 'wb', zipfile.ZIP_DEFLATED) as zip_file:
    for root, dirs, files in os.walk(path_dir):
        for file_or_dir in files + dirs:
            zip_file.write(
                os.path.join(root, file_or_dir),
                os.path.relpath(os.path.join(root, file_or_dir),
                                os.path.join(path_dir, os.path.pardir)))

使用pathlib.Path的解决方案，它独立于所使用的操作系统：

import zipfile
from pathlib import Path

def zip_dir(path: Path, zip_file_path: Path):
    """Zip all contents of path to zip_file"""
    files_to_zip = [
        file for file in path.glob('*') if file.is_file()]
    with zipfile.ZipFile(
        zip_file_path, 'w', zipfile.ZIP_DEFLATED) as zip_f:
        for file in files_to_zip:
            print(file.name)
            zip_f.write(file, file.name)

current_dir = Path.cwd()  
zip_dir = current_dir / "test"
tools.zip_dir(
    zip_dir, current_dir / 'Zipped_dir.zip')