如何以最有效的内存和时间方式获取大文件的行数?

def file_len(filename):
    with open(filename) as f:
        for i, _ in enumerate(f):
            pass
    return i + 1

当前回答

如果你想在Linux下的Python中廉价地获取行数,我推荐这个方法:

import os
print os.popen("wc -l file_path").readline().split()[0]

File_path可以是抽象文件路径,也可以是相对路径。希望这能有所帮助。

其他回答

我修改了缓冲区的情况如下:

def CountLines(filename):
    f = open(filename)
    try:
        lines = 1
        buf_size = 1024 * 1024
        read_f = f.read # loop optimization
        buf = read_f(buf_size)

        # Empty file
        if not buf:
            return 0

        while buf:
            lines += buf.count('\n')
            buf = read_f(buf_size)

        return lines
    finally:
        f.close()

现在空文件和最后一行(不带\n)也被计算在内。

一句话解决方案:

import os
os.system("wc -l  filename")  

我的代码片段:

>>> os.system('wc -l *.txt')

0 bar.txt
1000 command.txt
3 test_file.txt
1003 total

与此答案类似的一行bash解决方案,使用了现代子进程。check_output功能:

def line_count(filename):
    return int(subprocess.check_output(['wc', '-l', filename]).split()[0])

使用Numba

我们可以使用Numba来JIT(及时)编译我们的函数到机器代码。Def numbacountparallel(fname)运行速度快2.8倍 然后从问题中定义file_len(fname)。

注:

在运行基准测试之前,操作系统已经将文件缓存到内存中,因为我在我的PC上没有看到太多的磁盘活动。 第一次读取文件时,时间会慢得多,因此使用Numba的时间优势并不显著。

第一次调用函数时,JIT编译需要额外的时间。

如果我们不只是计算行数,这个就很有用了。

Cython是另一个选择。

http://numba.pydata.org/

结论

因为计算行数是IO绑定的,所以使用问题中的def file_len(fname),除非你想做的不仅仅是计算行数。

import timeit

from numba import jit, prange
import numpy as np

from itertools import (takewhile,repeat)

FILE = '../data/us_confirmed.csv' # 40.6MB, 371755 line file
CR = ord('\n')


# Copied from the question above. Used as a benchmark
def file_len(fname):
    with open(fname) as f:
        for i, l in enumerate(f):
            pass
    return i + 1


# Copied from another answer. Used as a benchmark
def rawincount(filename):
    f = open(filename, 'rb')
    bufgen = takewhile(lambda x: x, (f.read(1024*1024*10) for _ in repeat(None)))
    return sum( buf.count(b'\n') for buf in bufgen )


# Single thread
@jit(nopython=True)
def numbacountsingle_chunk(bs):

    c = 0
    for i in range(len(bs)):
        if bs[i] == CR:
            c += 1

    return c


def numbacountsingle(filename):
    f = open(filename, "rb")
    total = 0
    while True:
        chunk = f.read(1024*1024*10)
        lines = numbacountsingle_chunk(chunk)
        total += lines
        if not chunk:
            break

    return total


# Multi thread
@jit(nopython=True, parallel=True)
def numbacountparallel_chunk(bs):

    c = 0
    for i in prange(len(bs)):
        if bs[i] == CR:
            c += 1

    return c


def numbacountparallel(filename):
    f = open(filename, "rb")
    total = 0
    while True:
        chunk = f.read(1024*1024*10)
        lines = numbacountparallel_chunk(np.frombuffer(chunk, dtype=np.uint8))
        total += lines
        if not chunk:
            break

    return total

print('numbacountparallel')
print(numbacountparallel(FILE)) # This allows Numba to compile and cache the function without adding to the time.
print(timeit.Timer(lambda: numbacountparallel(FILE)).timeit(number=100))

print('\nnumbacountsingle')
print(numbacountsingle(FILE))
print(timeit.Timer(lambda: numbacountsingle(FILE)).timeit(number=100))

print('\nfile_len')
print(file_len(FILE))
print(timeit.Timer(lambda: rawincount(FILE)).timeit(number=100))

print('\nrawincount')
print(rawincount(FILE))
print(timeit.Timer(lambda: rawincount(FILE)).timeit(number=100))

每个函数调用100次的时间(以秒为单位)

numbacountparallel
371755
2.8007332000000003

numbacountsingle
371755
3.1508585999999994

file_len
371755
6.7945494

rawincount
371755
6.815438

为了完成上述方法,我尝试了fileinput模块的一个变体:

import fileinput as fi   
def filecount(fname):
        for line in fi.input(fname):
            pass
        return fi.lineno()

并将一个60mil行文件传递给上述所有方法:

mapcount : 6.1331050396
simplecount : 4.588793993
opcount : 4.42918205261
filecount : 43.2780818939
bufcount : 0.170812129974

这让我有点惊讶,fileinput是如此糟糕,比所有其他方法都要糟糕得多…