我在Windows上运行R,不是作为管理员。当我安装一个包时,下面的命令不起作用:

> install.packages("zoo")
Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable

要安装一个包,我必须指定一个库位置:

install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages")

要加载一个包,我还必须指定库的位置:

library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages")

所有这些都没问题,但我想看看是否可以将C:/software/Rpackages添加到库路径中,这样就不必每次都输入它了。

当我在网上搜索时,我发现这样做的一种方法是编辑Rprofile。站点文件并添加行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

然而,在这样做并启动RStudio之后,这是我得到的输出

> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

我添加到Rprofile的. libpaths命令。网站似乎没有任何效果!为什么会这样呢?或者更重要的是,如何解决这个问题,以便在不输入库位置的情况下安装和加载包?

注意:如果我启动RStudio, .libPaths()命令似乎可以正常工作

.libPaths("C:/software/Rpackages")
> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"

这不是很奇怪吗?


当前回答

getwd()
# [1] "C:/Users/..../software/My R studio"

复制上面的链接,带两个倒置逗号

.libPaths(new="C:/Users/..../software/My R studio")

安装包的默认路径将更改

其他回答

我通常尝试将所有的包保存在一个库中,但是如果您想添加一个库,为什么不将新的库(必须已经存在于您的文件系统中)附加到现有的库路径中呢?

.libPaths( c( .libPaths(), "~/userLibrary") )
 # obviously this would need to be a valid file directory in your OS
 # min just happened to be on a Mac that day

或者(这将使userLibrary成为第一个放置新包的地方):

.libPaths( c( "~/userLibrary" , .libPaths() ) )

然后我得到(至少回到我最初写这篇文章的时候):

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library"
[2] "/Users/user_name/userLibrary"  

libpaths函数与大多数其他非图形函数略有不同。它通过副作用起作用。Sys. Sys。getenv和Sys。setenv报告和改变R环境变量已经被分开,但是. libpaths可以报告或改变它的目标。

关于R启动过程的信息可以在启动帮助页面上阅读,在https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200549016-Customizing-RStudio上有RStudio材料

在您的案例中,RStudio似乎不尊重Rprofile。站点设置,或者通过从RStudio默认值之一读取. rprofile设置来覆盖它们。还应该提到的是,该操作的结果还将调用的内容追加到. library和. library。站点,这就是为什么RStudio-(或任何其他IDE或网络安装-)托管的R可能会表现出不同的行为的进一步原因。

因为Sys.getenv()返回R进程的当前系统环境,你可以看到库和其他路径:

Sys.getenv()[ grep("LIB|PATH", names(Sys.getenv())) ]

存储和访问包的两个关键是(现在在Linux机器上是不同的):

R_LIBS_SITE                          /usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library
R_LIBS_USER                          /home/david/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5.1/
 

通过将代码放在默认工作目录下的. rprofile文件中,我设法解决了这个问题。

首先,我找到了默认工作目录的位置

> getwd()
[1] "C:/Users/me/Documents"

然后,我使用文本编辑器编写了一个简单的.Rprofile文件,其中包含以下一行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

最后,当我启动R并运行.libPaths()时,我得到了所需的输出:

> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

我真的很难理解。当我上次重新安装OS & Rstudio时,gorkypl给出了正确的解决方案,但这一次,设置我的环境变量没有解决。

卸载R和Rstudio,创建目录C:\R和C:\Rstudio,然后重新安装它们。

将R_LIBS_USER用户变量定义到您的首选目录(根据gorkypl的回答),并重新启动您的机器以加载user变量。打开Rstudio,错误应该消失了。

您还可以使用Sys.setenv()将R_LIBS_USER修改为您的替代库的路径,这更容易,而且不需要重新启动您的计算机。

要查看R_LIBS_USER设置为什么: ? Sys.getenv ()

阅读帮助(启动)是有用的。

由于这里的大多数答案都与Windows和Mac OS有关,(考虑到我也在努力解决这个问题)我决定在Arch Linux安装中发布帮助我解决这个问题的过程。

步骤1:

Do a global search of your system (e.g. ANGRYSearch) for the term Renviron (which is the configuration file where the settings for the user libraries are set). It should return only two results at the following directory paths: /etc/R/ /usr/lib/R/etc/ NOTE: The Renviron config files stored at 1 & 2 (above) are hot-linked to each other (which means changes made to one file will automatically be applied [ in the same form / structure ] to the other file when the file being edited is saved - [ you also need sudo rights for saving the file post-edit ] ).

步骤2:

导航到第一个目录路径(/etc/R/),并用您最喜欢的文本编辑器打开Renviron文件。 进入Renviron文件后,搜索R_LIBS_USER标记,并将花括号部分中的文本更新为所需的目录路径。 例子: ... 更改来源(原始条目): R_LIBS_USER = $ {R_LIBS_USER - R ~ / / x86_64-pc-linux-gnu-library / 4.0 '} ... 更改到(您想要的条目): R_LIBS_USER = $ {R_LIBS_USER——“~ /应用程序/ R / rUserLibs '}

步骤3:

保存你刚刚编辑的Renviron文件……完成了! !

只需将R库的默认文件夹更改为没有管理员权限的目录,例如:

.libPaths("C:/R/libs")