选项1a：While循环：一次单行：输入重定向

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo "$p"
done < "$filename"

选项1b：While循环：一次单行：打开文件，从文件描述符中读取（在本例中为文件描述符#4）。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<"$filename"
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo "$p"
done

使用while循环，如下所示：

while IFS= read -r line; do
   echo "$line"
done <file

笔记：

如果不正确设置IFS，将丢失缩进。您几乎应该始终在read中使用-r选项。不读取带有for的行

我喜欢使用xargs而不是while。xargs功能强大，命令行友好

cat peptides.txt | xargs-I%sh-c“echo%”

使用xargs，还可以使用-t添加详细信息，使用-p添加验证

cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

以及单衬里变体：

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

如果没有换行符，这些选项将跳过文件的最后一行。

您可以通过以下方式避免此问题：

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done

一种方法是：

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的，这会产生如下副作用：删除前导空格，解释反斜杠序列，如果缺少终止换行符，则跳过最后一行。如果存在这些问题，您可以：

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外情况下，如果循环体可以从标准输入读取，则可以使用不同的文件描述符打开文件：

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里，10只是一个任意数（不同于0、1、2）。

这来得很晚，但考虑到这可能会对某人有所帮助，我补充了答案。同样，这可能不是最好的方法。head命令可以与-n参数一起使用，从文件开头读取n行，同样，tail命令可以用于从底部读取。现在，要从文件中提取第n行，我们需要头n行，通过管道将数据传输到管道数据中仅1行的尾部。

   TOTAL_LINES=`wc -l $USER_FILE | cut -d " " -f1 `
   echo $TOTAL_LINES       # To validate total lines in the file

   for (( i=1 ; i <= $TOTAL_LINES; i++ ))
   do
      LINE=`head -n$i $USER_FILE | tail -n1`
      echo $LINE
   done