在Bash中循环浏览文件内容

如何使用Bash遍历文本文件的每一行？

使用此脚本：

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上看到这个输出：

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

（后来我想用$p做一些比输出到屏幕更复杂的事情。）

环境变量SHELL是（来自env）：

SHELL=/bin/bash

/bin/bash—版本输出：

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat/proc/version输出：

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

peptides.txt文件包含：

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

当前回答

选项1a：While循环：一次单行：输入重定向

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo "$p"
done < "$filename"

选项1b：While循环：一次单行：打开文件，从文件描述符中读取（在本例中为文件描述符#4）。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<"$filename"
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo "$p"
done

其他回答

这并不比其他答案更好，但这是在没有空格的文件中完成工作的又一种方法（请参见注释）。我发现我经常需要一行程序来挖掘文本文件中的列表，而不需要使用单独的脚本文件。

for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

这种格式允许我将其全部放在一个命令行中。将“echo$word”部分更改为您想要的任何内容，您可以发出多个以分号分隔的命令。下面的示例使用文件的内容作为您可能编写的其他两个脚本的参数。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

或者，如果您打算像流编辑器一样使用它（学习sed），可以将输出转储到另一个文件，如下所示。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt

我使用了上面写的这些，因为我使用的是文本文件，我在其中每行创建了一个单词。（请参见注释）如果您有空格不想拆分单词/行，那么它会变得有点难看，但相同的命令仍然可以工作如下：

OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

这只是告诉shell只在换行上拆分，而不是在空格上拆分，然后将环境返回到以前的状态。此时，您可能需要考虑将其全部放入shell脚本，而不是将其全部压缩到一行中。

祝你好运！

选项1a：While循环：一次单行：输入重定向

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo "$p"
done < "$filename"

选项1b：While循环：一次单行：打开文件，从文件描述符中读取（在本例中为文件描述符#4）。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<"$filename"
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo "$p"
done

我喜欢使用xargs而不是while。xargs功能强大，命令行友好

cat peptides.txt | xargs-I%sh-c“echo%”

使用xargs，还可以使用-t添加详细信息，使用-p添加验证

一种方法是：

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的，这会产生如下副作用：删除前导空格，解释反斜杠序列，如果缺少终止换行符，则跳过最后一行。如果存在这些问题，您可以：

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外情况下，如果循环体可以从标准输入读取，则可以使用不同的文件描述符打开文件：

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里，10只是一个任意数（不同于0、1、2）。

cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

以及单衬里变体：

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

如果没有换行符，这些选项将跳过文件的最后一行。

您可以通过以下方式避免此问题：

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done

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