cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

以及单衬里变体：

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

如果没有换行符，这些选项将跳过文件的最后一行。

您可以通过以下方式避免此问题：

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done

一种方法是：

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的，这会产生如下副作用：删除前导空格，解释反斜杠序列，如果缺少终止换行符，则跳过最后一行。如果存在这些问题，您可以：

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外情况下，如果循环体可以从标准输入读取，则可以使用不同的文件描述符打开文件：

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里，10只是一个任意数（不同于0、1、2）。

这并不比其他答案更好，但这是在没有空格的文件中完成工作的又一种方法（请参见注释）。我发现我经常需要一行程序来挖掘文本文件中的列表，而不需要使用单独的脚本文件。

for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

这种格式允许我将其全部放在一个命令行中。将“echo$word”部分更改为您想要的任何内容，您可以发出多个以分号分隔的命令。下面的示例使用文件的内容作为您可能编写的其他两个脚本的参数。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

或者，如果您打算像流编辑器一样使用它（学习sed），可以将输出转储到另一个文件，如下所示。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt

我使用了上面写的这些，因为我使用的是文本文件，我在其中每行创建了一个单词。（请参见注释）如果您有空格不想拆分单词/行，那么它会变得有点难看，但相同的命令仍然可以工作如下：

OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

这只是告诉shell只在换行上拆分，而不是在空格上拆分，然后将环境返回到以前的状态。此时，您可能需要考虑将其全部放入shell脚本，而不是将其全部压缩到一行中。

祝你好运！

还有一些其他答案没有涵盖的问题：

从分隔文件读取

# ':' is the delimiter here, and there are three fields on each line in the file
# IFS set below is restricted to the context of `read`, it doesn't affect any other code
while IFS=: read -r field1 field2 field3; do
  # process the fields
  # if the line has less than three fields, the missing fields will be set to an empty string
  # if the line has more than three fields, `field3` will get all the values, including the third field plus the delimiter(s)
done < input.txt

使用进程替换从另一个命令的输出读取

while read -r line; do
  # process the line
done < <(command ...)

这种方法优于命令…|同时读取-r行；做因为while循环在当前shell中运行，而不是像后者那样在子shell中运行。请参阅相关文章。在while循环内修改的变量不会被记住。

正在从空分隔输入读取，例如find-打印0

while read -r -d '' line; do
  # logic
  # use a second 'read ... <<< "$line"' if we need to tokenize the line
done < <(find /path/to/dir -print0)

相关阅读：BashFAQ/020-如何查找和安全处理包含换行符、空格或两者的文件名？

一次读取多个文件

while read -u 3 -r line1 && read -u 4 -r line2; do
  # process the lines
  # note that the loop will end when we reach EOF on either of the files, because of the `&&`
done 3< input1.txt 4< input2.txt

根据@chepner的回答：

-u是bash扩展。对于POSIX兼容性，每个调用看起来都像read-rX<&3。

将整个文件读入数组（Bash版本早于4）

while read -r line; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

如果文件以不完整的行结尾（末尾缺少换行符），则：

while read -r line || [[ $line ]]; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

将整个文件读取到阵列中（Bash版本4x及更高版本）

readarray -t my_array < my_file

or

mapfile -t my_array < my_file

然后

for line in "${my_array[@]}"; do
  # process the lines
done

有关shell内置read和readarray命令的更多信息-GNU关于IFS的更多信息-维基百科BashFAQ/001-如何逐行（和/或逐字段）读取文件（数据流、变量）？

相关帖子：

在Bash中从文本文件创建数组两种读取只有一行的文件的方法有什么区别？与猫相比，在读取循环时猛击速度非常慢，为什么？

假设您有此文件：

$ cat /tmp/test.txt
Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR

有四个元素将改变许多Bash解决方案读取的文件输出的含义：

空白行4；两行上的前导或尾随空格；保持各行的含义（即，每行都是一条记录）；线路6未以CR终止。

如果您希望文本文件一行一行地包含空白行和没有CR的终止行，则必须使用while循环，并且必须对最后一行进行替换测试。

以下是可能更改文件的方法（与cat返回的方法相比）：

1） 丢失最后一行以及前导空格和尾随空格：

$ while read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'

（如果在IFS=read-r p；do printf“%s\n”“'$p'”；done</tmp/test.txt时执行，则保留前导空格和尾随空格，但如果最后一行未以CR结尾，则仍会丢失）

2） 将进程替换与cat一起使用将一口气读取整个文件，并失去单个行的含义：

$ for p in "$(cat /tmp/test.txt)"; do printf "%s\n" "'$p'"; done
'Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR'

（如果您从$（cat/tmp/test.txt）中删除“”，您将逐字逐句地阅读文件，而不是一饮而尽。也可能不是预期的内容…）

逐行读取文件并保留所有间距的最可靠和最简单的方法是：

$ while IFS= read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'    Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    '
'Line 6 has no ending CR'

如果您想去掉前导空格和交易空格，请删除IFS=部分：

$ while read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'
'Line 6 has no ending CR'

（一个没有终止符的文本文件，虽然在POSIX下很常见，但被认为是已损坏的。如果您可以指望结尾符，则在while循环中不需要||[[-n$line]]。）

更多关于BASH常见问题解答

cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

以及单衬里变体：

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

如果没有换行符，这些选项将跳过文件的最后一行。

您可以通过以下方式避免此问题：

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done