如何使用Bash遍历文本文件的每一行?

使用此脚本:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上看到这个输出:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(后来我想用$p做一些比输出到屏幕更复杂的事情。)


环境变量SHELL是(来自env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash—版本输出:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat/proc/version输出:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

peptides.txt文件包含:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

当前回答

一种方法是:

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的,这会产生如下副作用:删除前导空格,解释反斜杠序列,如果缺少终止换行符,则跳过最后一行。如果存在这些问题,您可以:

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外情况下,如果循环体可以从标准输入读取,则可以使用不同的文件描述符打开文件:

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里,10只是一个任意数(不同于0、1、2)。

其他回答

假设您有此文件:

$ cat /tmp/test.txt
Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR

有四个元素将改变许多Bash解决方案读取的文件输出的含义:

空白行4;两行上的前导或尾随空格;保持各行的含义(即,每行都是一条记录);线路6未以CR终止。

如果您希望文本文件一行一行地包含空白行和没有CR的终止行,则必须使用while循环,并且必须对最后一行进行替换测试。

以下是可能更改文件的方法(与cat返回的方法相比):

1) 丢失最后一行以及前导空格和尾随空格:

$ while read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'

(如果在IFS=read-r p;do printf“%s\n”“'$p'”;done</tmp/test.txt时执行,则保留前导空格和尾随空格,但如果最后一行未以CR结尾,则仍会丢失)

2) 将进程替换与cat一起使用将一口气读取整个文件,并失去单个行的含义:

$ for p in "$(cat /tmp/test.txt)"; do printf "%s\n" "'$p'"; done
'Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR'

(如果您从$(cat/tmp/test.txt)中删除“”,您将逐字逐句地阅读文件,而不是一饮而尽。也可能不是预期的内容…)


逐行读取文件并保留所有间距的最可靠和最简单的方法是:

$ while IFS= read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'    Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    '
'Line 6 has no ending CR'

如果您想去掉前导空格和交易空格,请删除IFS=部分:

$ while read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'
'Line 6 has no ending CR'

(一个没有终止符的文本文件,虽然在POSIX下很常见,但被认为是已损坏的。如果您可以指望结尾符,则在while循环中不需要||[[-n$line]]。)

更多关于BASH常见问题解答

这是我的真实例子,如何循环另一个程序输出的行,检查子字符串,从变量中删除双引号,在循环之外使用该变量。我想很多人迟早会问这些问题。

##Parse FPS from first video stream, drop quotes from fps variable
## streams.stream.0.codec_type="video"
## streams.stream.0.r_frame_rate="24000/1001"
## streams.stream.0.avg_frame_rate="24000/1001"
FPS=unknown
while read -r line; do
  if [[ $FPS == "unknown" ]] && [[ $line == *".codec_type=\"video\""* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=parse
  fi
  if [[ $FPS == "parse" ]] && [[ $line == *".r_frame_rate="* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=${line##*=}
    FPS="${FPS%\"}"
    FPS="${FPS#\"}"
  fi
done <<< "$(ffprobe -v quiet -print_format flat -show_format -show_streams -i "$input")"
if [ "$FPS" == "unknown" ] || [ "$FPS" == "parse" ]; then 
  echo ParseFPS Unknown frame rate
fi
echo Found $FPS

在循环外声明变量,设置值并在循环外使用它需要done<<“$(…)”语法。应用程序需要在当前控制台的上下文中运行。命令周围的引号保留输出流的换行符。

子字符串的循环匹配然后读取name=value对,拆分last=字符的右侧部分,删除第一个引号,删除最后一个引号,我们有一个干净的值可以在其他地方使用。

使用xargs的另一种方法

<file_name | xargs -I {} echo {}

echo可以用其他命令替换或进一步管道化。

这可能是最简单的答案,也许它在所有情况下都不起作用,但它对我来说很有用:

while read line;do echo "$line";done<peptides.txt

如果需要用括号括起空格:

while read line;do echo \"$line\";done<peptides.txt

啊,这和投票最多的答案差不多,但都在一行。

一种方法是:

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的,这会产生如下副作用:删除前导空格,解释反斜杠序列,如果缺少终止换行符,则跳过最后一行。如果存在这些问题,您可以:

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外情况下,如果循环体可以从标准输入读取,则可以使用不同的文件描述符打开文件:

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里,10只是一个任意数(不同于0、1、2)。