如何使用Bash遍历文本文件的每一行?

使用此脚本:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上看到这个输出:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(后来我想用$p做一些比输出到屏幕更复杂的事情。)


环境变量SHELL是(来自env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash—版本输出:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat/proc/version输出:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

peptides.txt文件包含:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

当前回答

这可能是最简单的答案,也许它在所有情况下都不起作用,但它对我来说很有用:

while read line;do echo "$line";done<peptides.txt

如果需要用括号括起空格:

while read line;do echo \"$line\";done<peptides.txt

啊,这和投票最多的答案差不多,但都在一行。

其他回答

这是我的真实例子,如何循环另一个程序输出的行,检查子字符串,从变量中删除双引号,在循环之外使用该变量。我想很多人迟早会问这些问题。

##Parse FPS from first video stream, drop quotes from fps variable
## streams.stream.0.codec_type="video"
## streams.stream.0.r_frame_rate="24000/1001"
## streams.stream.0.avg_frame_rate="24000/1001"
FPS=unknown
while read -r line; do
  if [[ $FPS == "unknown" ]] && [[ $line == *".codec_type=\"video\""* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=parse
  fi
  if [[ $FPS == "parse" ]] && [[ $line == *".r_frame_rate="* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=${line##*=}
    FPS="${FPS%\"}"
    FPS="${FPS#\"}"
  fi
done <<< "$(ffprobe -v quiet -print_format flat -show_format -show_streams -i "$input")"
if [ "$FPS" == "unknown" ] || [ "$FPS" == "parse" ]; then 
  echo ParseFPS Unknown frame rate
fi
echo Found $FPS

在循环外声明变量,设置值并在循环外使用它需要done<<“$(…)”语法。应用程序需要在当前控制台的上下文中运行。命令周围的引号保留输出流的换行符。

子字符串的循环匹配然后读取name=value对,拆分last=字符的右侧部分,删除第一个引号,删除最后一个引号,我们有一个干净的值可以在其他地方使用。

我喜欢使用xargs而不是while。xargs功能强大,命令行友好

cat peptides.txt | xargs-I%sh-c“echo%”

使用xargs,还可以使用-t添加详细信息,使用-p添加验证

对于`cat peptides.txt中的p`做echo“${p}”完成

使用xargs的另一种方法

<file_name | xargs -I {} echo {}

echo可以用其他命令替换或进一步管道化。

cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

以及单衬里变体:

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

如果没有换行符,这些选项将跳过文件的最后一行。

您可以通过以下方式避免此问题:

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done