如何使用Bash遍历文本文件的每一行?

使用此脚本:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上看到这个输出:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(后来我想用$p做一些比输出到屏幕更复杂的事情。)


环境变量SHELL是(来自env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash—版本输出:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat/proc/version输出:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

peptides.txt文件包含:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

当前回答

这来得很晚,但考虑到这可能会对某人有所帮助,我补充了答案。同样,这可能不是最好的方法。head命令可以与-n参数一起使用,从文件开头读取n行,同样,tail命令可以用于从底部读取。现在,要从文件中提取第n行,我们需要头n行,通过管道将数据传输到管道数据中仅1行的尾部。

   TOTAL_LINES=`wc -l $USER_FILE | cut -d " " -f1 `
   echo $TOTAL_LINES       # To validate total lines in the file

   for (( i=1 ; i <= $TOTAL_LINES; i++ ))
   do
      LINE=`head -n$i $USER_FILE | tail -n1`
      echo $LINE
   done

其他回答

这并不比其他答案更好,但这是在没有空格的文件中完成工作的又一种方法(请参见注释)。我发现我经常需要一行程序来挖掘文本文件中的列表,而不需要使用单独的脚本文件。

for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

这种格式允许我将其全部放在一个命令行中。将“echo$word”部分更改为您想要的任何内容,您可以发出多个以分号分隔的命令。下面的示例使用文件的内容作为您可能编写的其他两个脚本的参数。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

或者,如果您打算像流编辑器一样使用它(学习sed),可以将输出转储到另一个文件,如下所示。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt

我使用了上面写的这些,因为我使用的是文本文件,我在其中每行创建了一个单词。(请参见注释)如果您有空格不想拆分单词/行,那么它会变得有点难看,但相同的命令仍然可以工作如下:

OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

这只是告诉shell只在换行上拆分,而不是在空格上拆分,然后将环境返回到以前的状态。此时,您可能需要考虑将其全部放入shell脚本,而不是将其全部压缩到一行中。

祝你好运!

这来得很晚,但考虑到这可能会对某人有所帮助,我补充了答案。同样,这可能不是最好的方法。head命令可以与-n参数一起使用,从文件开头读取n行,同样,tail命令可以用于从底部读取。现在,要从文件中提取第n行,我们需要头n行,通过管道将数据传输到管道数据中仅1行的尾部。

   TOTAL_LINES=`wc -l $USER_FILE | cut -d " " -f1 `
   echo $TOTAL_LINES       # To validate total lines in the file

   for (( i=1 ; i <= $TOTAL_LINES; i++ ))
   do
      LINE=`head -n$i $USER_FILE | tail -n1`
      echo $LINE
   done

我喜欢使用xargs而不是while。xargs功能强大,命令行友好

cat peptides.txt | xargs-I%sh-c“echo%”

使用xargs,还可以使用-t添加详细信息,使用-p添加验证

这可能是最简单的答案,也许它在所有情况下都不起作用,但它对我来说很有用:

while read line;do echo "$line";done<peptides.txt

如果需要用括号括起空格:

while read line;do echo \"$line\";done<peptides.txt

啊,这和投票最多的答案差不多,但都在一行。

使用while循环,如下所示:

while IFS= read -r line; do
   echo "$line"
done <file

笔记:

如果不正确设置IFS,将丢失缩进。您几乎应该始终在read中使用-r选项。不读取带有for的行