在Bash中循环浏览文件内容

如何使用Bash遍历文本文件的每一行？

使用此脚本：

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上看到这个输出：

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

（后来我想用$p做一些比输出到屏幕更复杂的事情。）

环境变量SHELL是（来自env）：

SHELL=/bin/bash

/bin/bash—版本输出：

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat/proc/version输出：

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

peptides.txt文件包含：

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

当前回答

使用xargs的另一种方法

<file_name | xargs -I {} echo {}

echo可以用其他命令替换或进一步管道化。

其他回答

cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

以及单衬里变体：

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

如果没有换行符，这些选项将跳过文件的最后一行。

您可以通过以下方式避免此问题：

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done

如果您不希望您的阅读被换行符打断，请使用-

#!/bin/bash
while IFS='' read -r line || [[ -n "$line" ]]; do
    echo "$line"
done < "$1"

然后以文件名作为参数运行脚本。

这可能是最简单的答案，也许它在所有情况下都不起作用，但它对我来说很有用：

while read line;do echo "$line";done<peptides.txt

如果需要用括号括起空格：

while read line;do echo \"$line\";done<peptides.txt

啊，这和投票最多的答案差不多，但都在一行。

我喜欢使用xargs而不是while。xargs功能强大，命令行友好

cat peptides.txt | xargs-I%sh-c“echo%”

使用xargs，还可以使用-t添加详细信息，使用-p添加验证

一种方法是：

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的，这会产生如下副作用：删除前导空格，解释反斜杠序列，如果缺少终止换行符，则跳过最后一行。如果存在这些问题，您可以：

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外情况下，如果循环体可以从标准输入读取，则可以使用不同的文件描述符打开文件：

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里，10只是一个任意数（不同于0、1、2）。

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