对于`cat peptides.txt中的p`做echo“${p}”完成

cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

以及单衬里变体：

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

如果没有换行符，这些选项将跳过文件的最后一行。

您可以通过以下方式避免此问题：

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done

这并不比其他答案更好，但这是在没有空格的文件中完成工作的又一种方法（请参见注释）。我发现我经常需要一行程序来挖掘文本文件中的列表，而不需要使用单独的脚本文件。

for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

这种格式允许我将其全部放在一个命令行中。将“echo$word”部分更改为您想要的任何内容，您可以发出多个以分号分隔的命令。下面的示例使用文件的内容作为您可能编写的其他两个脚本的参数。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

或者，如果您打算像流编辑器一样使用它（学习sed），可以将输出转储到另一个文件，如下所示。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt

我使用了上面写的这些，因为我使用的是文本文件，我在其中每行创建了一个单词。（请参见注释）如果您有空格不想拆分单词/行，那么它会变得有点难看，但相同的命令仍然可以工作如下：

OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

这只是告诉shell只在换行上拆分，而不是在空格上拆分，然后将环境返回到以前的状态。此时，您可能需要考虑将其全部放入shell脚本，而不是将其全部压缩到一行中。

祝你好运！

选项1a：While循环：一次单行：输入重定向

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo "$p"
done < "$filename"

选项1b：While循环：一次单行：打开文件，从文件描述符中读取（在本例中为文件描述符#4）。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<"$filename"
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo "$p"
done

这是我的真实例子，如何循环另一个程序输出的行，检查子字符串，从变量中删除双引号，在循环之外使用该变量。我想很多人迟早会问这些问题。

##Parse FPS from first video stream, drop quotes from fps variable
## streams.stream.0.codec_type="video"
## streams.stream.0.r_frame_rate="24000/1001"
## streams.stream.0.avg_frame_rate="24000/1001"
FPS=unknown
while read -r line; do
  if [[ $FPS == "unknown" ]] && [[ $line == *".codec_type=\"video\""* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=parse
  fi
  if [[ $FPS == "parse" ]] && [[ $line == *".r_frame_rate="* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=${line##*=}
    FPS="${FPS%\"}"
    FPS="${FPS#\"}"
  fi
done <<< "$(ffprobe -v quiet -print_format flat -show_format -show_streams -i "$input")"
if [ "$FPS" == "unknown" ] || [ "$FPS" == "parse" ]; then 
  echo ParseFPS Unknown frame rate
fi
echo Found $FPS

在循环外声明变量，设置值并在循环外使用它需要done＜＜“$（…）”语法。应用程序需要在当前控制台的上下文中运行。命令周围的引号保留输出流的换行符。

子字符串的循环匹配然后读取name＝value对，拆分last＝字符的右侧部分，删除第一个引号，删除最后一个引号，我们有一个干净的值可以在其他地方使用。

使用while循环，如下所示：

while IFS= read -r line; do
   echo "$line"
done <file

笔记：

如果不正确设置IFS，将丢失缩进。您几乎应该始终在read中使用-r选项。不读取带有for的行