对于`cat peptides.txt中的p`做echo“${p}”完成

这并不比其他答案更好，但这是在没有空格的文件中完成工作的又一种方法（请参见注释）。我发现我经常需要一行程序来挖掘文本文件中的列表，而不需要使用单独的脚本文件。

for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

这种格式允许我将其全部放在一个命令行中。将“echo$word”部分更改为您想要的任何内容，您可以发出多个以分号分隔的命令。下面的示例使用文件的内容作为您可能编写的其他两个脚本的参数。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

或者，如果您打算像流编辑器一样使用它（学习sed），可以将输出转储到另一个文件，如下所示。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt

我使用了上面写的这些，因为我使用的是文本文件，我在其中每行创建了一个单词。（请参见注释）如果您有空格不想拆分单词/行，那么它会变得有点难看，但相同的命令仍然可以工作如下：

OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

这只是告诉shell只在换行上拆分，而不是在空格上拆分，然后将环境返回到以前的状态。此时，您可能需要考虑将其全部放入shell脚本，而不是将其全部压缩到一行中。

祝你好运！

选项1a：While循环：一次单行：输入重定向

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo "$p"
done < "$filename"

选项1b：While循环：一次单行：打开文件，从文件描述符中读取（在本例中为文件描述符#4）。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<"$filename"
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo "$p"
done

还有一些其他答案没有涵盖的问题：

从分隔文件读取

# ':' is the delimiter here, and there are three fields on each line in the file
# IFS set below is restricted to the context of `read`, it doesn't affect any other code
while IFS=: read -r field1 field2 field3; do
  # process the fields
  # if the line has less than three fields, the missing fields will be set to an empty string
  # if the line has more than three fields, `field3` will get all the values, including the third field plus the delimiter(s)
done < input.txt

使用进程替换从另一个命令的输出读取

while read -r line; do
  # process the line
done < <(command ...)

这种方法优于命令…|同时读取-r行；做因为while循环在当前shell中运行，而不是像后者那样在子shell中运行。请参阅相关文章。在while循环内修改的变量不会被记住。

正在从空分隔输入读取，例如find-打印0

while read -r -d '' line; do
  # logic
  # use a second 'read ... <<< "$line"' if we need to tokenize the line
done < <(find /path/to/dir -print0)

相关阅读：BashFAQ/020-如何查找和安全处理包含换行符、空格或两者的文件名？

一次读取多个文件

while read -u 3 -r line1 && read -u 4 -r line2; do
  # process the lines
  # note that the loop will end when we reach EOF on either of the files, because of the `&&`
done 3< input1.txt 4< input2.txt

根据@chepner的回答：

-u是bash扩展。对于POSIX兼容性，每个调用看起来都像read-rX<&3。

将整个文件读入数组（Bash版本早于4）

while read -r line; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

如果文件以不完整的行结尾（末尾缺少换行符），则：

while read -r line || [[ $line ]]; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

将整个文件读取到阵列中（Bash版本4x及更高版本）

readarray -t my_array < my_file

or

mapfile -t my_array < my_file

然后

for line in "${my_array[@]}"; do
  # process the lines
done

有关shell内置read和readarray命令的更多信息-GNU关于IFS的更多信息-维基百科BashFAQ/001-如何逐行（和/或逐字段）读取文件（数据流、变量）？

相关帖子：

在Bash中从文本文件创建数组两种读取只有一行的文件的方法有什么区别？与猫相比，在读取循环时猛击速度非常慢，为什么？

这可能是最简单的答案，也许它在所有情况下都不起作用，但它对我来说很有用：

while read line;do echo "$line";done<peptides.txt

如果需要用括号括起空格：

while read line;do echo \"$line\";done<peptides.txt

啊，这和投票最多的答案差不多，但都在一行。

使用while循环，如下所示：

while IFS= read -r line; do
   echo "$line"
done <file

笔记：

如果不正确设置IFS，将丢失缩进。您几乎应该始终在read中使用-r选项。不读取带有for的行