如何使用Bash遍历文本文件的每一行?

使用此脚本:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上看到这个输出:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(后来我想用$p做一些比输出到屏幕更复杂的事情。)


环境变量SHELL是(来自env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash—版本输出:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat/proc/version输出:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

peptides.txt文件包含:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

当前回答

对于`cat peptides.txt中的p`做echo“${p}”完成

其他回答

这可能是最简单的答案,也许它在所有情况下都不起作用,但它对我来说很有用:

while read line;do echo "$line";done<peptides.txt

如果需要用括号括起空格:

while read line;do echo \"$line\";done<peptides.txt

啊,这和投票最多的答案差不多,但都在一行。

对于`cat peptides.txt中的p`做echo“${p}”完成

cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

以及单衬里变体:

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

如果没有换行符,这些选项将跳过文件的最后一行。

您可以通过以下方式避免此问题:

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done
#!/bin/bash
#
# Change the file name from "test" to desired input file 
# (The comments in bash are prefixed with #'s)
for x in $(cat test.txt)
do
    echo $x
done

我喜欢使用xargs而不是while。xargs功能强大,命令行友好

cat peptides.txt | xargs-I%sh-c“echo%”

使用xargs,还可以使用-t添加详细信息,使用-p添加验证