在Bash中循环浏览文件内容

如何使用Bash遍历文本文件的每一行？

使用此脚本：

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上看到这个输出：

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

（后来我想用$p做一些比输出到屏幕更复杂的事情。）

环境变量SHELL是（来自env）：

SHELL=/bin/bash

/bin/bash—版本输出：

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat/proc/version输出：

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

peptides.txt文件包含：

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

当前回答

#!/bin/bash
#
# Change the file name from "test" to desired input file 
# (The comments in bash are prefixed with #'s)
for x in $(cat test.txt)
do
    echo $x
done

2013-11-14 14:23:16

其他回答

使用xargs的另一种方法

<file_name | xargs -I {} echo {}

echo可以用其他命令替换或进一步管道化。

2022-02-28 20:32:57

cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

以及单衬里变体：

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

如果没有换行符，这些选项将跳过文件的最后一行。

您可以通过以下方式避免此问题：

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done

2009-10-05 17:54:38

@彼得：这可能对你有用-

echo "Start!";for p in $(cat ./pep); do
echo $p
done

这将返回输出-

Start!
RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

2015-08-30 05:00:05

一种方法是：

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的，这会产生如下副作用：删除前导空格，解释反斜杠序列，如果缺少终止换行符，则跳过最后一行。如果存在这些问题，您可以：

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外情况下，如果循环体可以从标准输入读取，则可以使用不同的文件描述符打开文件：

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里，10只是一个任意数（不同于0、1、2）。

2009-10-05 18:00:20

我喜欢使用xargs而不是while。xargs功能强大，命令行友好

cat peptides.txt | xargs-I%sh-c“echo%”

使用xargs，还可以使用-t添加详细信息，使用-p添加验证

2020-06-07 15:38:44

在Bash中循环浏览文件内容

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