我有一个很少列的熊猫数据帧。
现在我知道某些行是基于某个列值的异常值。
例如
列“Vol”的所有值都在12xx左右,其中一个值是4000(离群值)。
现在我想排除那些Vol列像这样的行。
所以,本质上,我需要在数据帧上放一个过滤器,这样我们就可以选择所有的行,其中某一列的值距离平均值在3个标准差之内。
实现这一点的优雅方式是什么?
我有一个很少列的熊猫数据帧。
现在我知道某些行是基于某个列值的异常值。
例如
列“Vol”的所有值都在12xx左右,其中一个值是4000(离群值)。
现在我想排除那些Vol列像这样的行。
所以,本质上,我需要在数据帧上放一个过滤器,这样我们就可以选择所有的行,其中某一列的值距离平均值在3个标准差之内。
实现这一点的优雅方式是什么?
当前回答
对于数据框架中的每个系列,您可以使用between和分位数来删除异常值。
x = pd.Series(np.random.normal(size=200)) # with outliers
x = x[x.between(x.quantile(.25), x.quantile(.75))] # without outliers
其他回答
你可以使用布尔掩码:
import pandas as pd
def remove_outliers(df, q=0.05):
upper = df.quantile(1-q)
lower = df.quantile(q)
mask = (df < upper) & (df > lower)
return mask
t = pd.DataFrame({'train': [1,1,2,3,4,5,6,7,8,9,9],
'y': [1,0,0,1,1,0,0,1,1,1,0]})
mask = remove_outliers(t['train'], 0.1)
print(t[mask])
输出:
train y
2 2 0
3 3 1
4 4 1
5 5 0
6 6 0
7 7 1
8 8 1
如果你的数据帧有异常值,有很多方法可以处理这些异常值:
大多数都在我的文章中提到过:读一读
在这里找到代码:Notebook
对于你的每一个数据帧列,你可以得到分位数:
q = df["col"].quantile(0.99)
然后用:
df[df["col"] < q]
如果需要移除上下异常值,将condition与and语句结合:
q_low = df["col"].quantile(0.01)
q_hi = df["col"].quantile(0.99)
df_filtered = df[(df["col"] < q_hi) & (df["col"] > q_low)]
由于我还没有看到处理数值和非数值属性的答案,这里有一个补充答案。
您可能只希望删除数值属性上的异常值(类别变量几乎不可能是异常值)。
函数定义
我扩展了@tanemaki的建议,当非数值属性也存在时处理数据:
from scipy import stats
def drop_numerical_outliers(df, z_thresh=3):
# Constrains will contain `True` or `False` depending on if it is a value below the threshold.
constrains = df.select_dtypes(include=[np.number]) \
.apply(lambda x: np.abs(stats.zscore(x)) < z_thresh, reduce=False) \
.all(axis=1)
# Drop (inplace) values set to be rejected
df.drop(df.index[~constrains], inplace=True)
使用
drop_numerical_outliers(df)
例子
想象一个数据集df,其中包含一些关于房屋的值:小巷、土地轮廓、销售价格……例:数据文档
首先,你想要在散点图上可视化数据(z-score Thresh=3):
# Plot data before dropping those greater than z-score 3.
# The scatterAreaVsPrice function's definition has been removed for readability's sake.
scatterAreaVsPrice(df)
# Drop the outliers on every attributes
drop_numerical_outliers(train_df)
# Plot the result. All outliers were dropped. Note that the red points are not
# the same outliers from the first plot, but the new computed outliers based on the new data-frame.
scatterAreaVsPrice(train_df)
另一种选择是转换数据,以减轻异常值的影响。你可以通过winsorize你的数据来做到这一点。
import pandas as pd
from scipy.stats import mstats
%matplotlib inline
test_data = pd.Series(range(30))
test_data.plot()
# Truncate values to the 5th and 95th percentiles
transformed_test_data = pd.Series(mstats.winsorize(test_data, limits=[0.05, 0.05]))
transformed_test_data.plot()