总而言之，这是您应该做的：

设置path_to_submodule变量（无尾随斜杠）：path_to_submodule=路径/到/子模块从.gitmodules文件中删除相关行：git-config-f.gitmodules—删除节子模块$路径_子模块从.git/config中删除相关部分git-config-f.git/config—删除节子模块$路径_子模块仅从索引中取消存储并删除$path_to_submodule（以防止丢失信息）git rm--缓存的$path_to_submodule跟踪对.gitmodules所做的更改git-add.gitmodules提交超级项目gitcommit-m“删除子模块子模块名”删除现在未跟踪的子模块文件rm-rf$path_to_submodulerm-rf.git/modules/$path_to_submodule

您可以使用别名自动化其他人提供的解决方案：

[alias]
  rms = "!f(){ git rm --cached \"$1\";rm -r \"$1\";git config -f .gitmodules --remove-section \"submodule.$1\";git config -f .git/config --remove-section \"submodule.$1\";git add .gitmodules; }; f"

将其放入git配置中，然后可以执行：git rms path/to/submodule

我创建了一个bash脚本来简化删除过程。它还检查回购中是否有未保存的更改，并请求确认。它已经在os x上进行了测试，如果知道它在普通linux发行版上是否也能正常工作，将会很有趣：

https://gist.github.com/fabifrank/cdc7e67fd194333760b060835ac0172f

自git1.8.3（2013年4月22日）起：

一旦你用“gitsubmoduleInit”表达了对某个子模块的兴趣，就没有瓷的方式来表示“我不再对这个子模块感兴趣了”。“git submodule deinit”是这样做的方法。

删除过程还使用gitrm（自2013年10月git1.8.5起）。

总结

然后，三步移除过程将是：

0. mv a/submodule a/submodule_tmp

1. git submodule deinit -f -- a/submodule    
2. rm -rf .git/modules/a/submodule
3. git rm -f a/submodule
# Note: a/submodule (no trailing slash)

# or, if you want to leave it in your working tree and have done step 0
3.   git rm --cached a/submodule
3bis mv a/submodule_tmp a/submodule

解释

rm-rf：丹尼尔·施罗德的回答中提到了这一点，Eonil在评论中总结道：

这将使.git/modules/<子模块路径>/保持不变。所以，若您使用此方法删除了一个子模块并再次添加它们，那个么就不可能了，因为存储库已经损坏。

git rm：请参阅提交95c16418：

当前在子模块上使用“gitrm”会将子模块的工作树从超级项目的工作树中删除，并将gitlink从索引中删除。但是.gitmodules中的子模块部分保持不变，这是现在删除的子模块的剩余部分，可能会激怒用户（与.git/config中的设置相反，这必须保持提醒用户对该子模块感兴趣，以便稍后在签出旧的提交时重新填充）。

让“gitrm”不仅从工作树中删除子模块，还可以从.gitmodules文件中删除“submodule.<submodulename>”部分，并将两者都暂存，从而帮助用户。

git子模块deinit：它源于这个补丁：

使用“gitsubmodule init”，用户可以告诉git他们关心一个或多个子模块，并希望在下次调用“gitsubmodule update”时填充它。但目前，他们无法简单地告诉git他们不再关心子模块，并希望摆脱本地工作树（除非用户非常了解子模块的内部结构，并将“submodule.$name.url”设置与工作树一起从.git/config中删除）。

通过提供“deinit”命令帮助这些用户。这将删除整个子模块<对于给定的子模块（或所有已初始化的子模块，如果给定“.”）。如果当前工作树包含修改，则失败，除非强制。如果在命令行上给定的子模块的url设置在.git/config中找不到，但仍然不会失败，请进行投诉。

如果（de）初始化步骤（.git/config和.git/modules/xxx）

从git1.8.5开始，gitrm还负责：

在.gitmodules文件中记录子模块url的“add”步骤：需要为您删除它。子模块特殊条目（如这个问题所示）：gitrm将其从索引中删除：git rm—缓存的path_to_submodule（无尾斜杠）这将以特殊模式“160000”删除索引中存储的目录，并将其标记为子模块根目录。

如果您忘记了最后一步，并尝试将子模块添加为常规目录，则会收到如下错误消息：

git add mysubmodule/file.txt 
Path 'mysubmodule/file.txt' is in submodule 'mysubmodule'

注意：自从Git 2.17（2018年第二季度）以来，Git子模块deinit不再是shell脚本。这是对C函数的调用。

见Prathamesh Chavan（pratham pc）的承诺2e61273、承诺1342476（2018年1月14日）。（于2018年2月13日由Junio C Hamano--gitster--在commit ead8dbe中合并）

git ${wt_prefix:+-C "$wt_prefix"} submodule--helper deinit \
  ${GIT_QUIET:+--quiet} \
  ${prefix:+--prefix "$prefix"} \
  ${force:+--force} \
  ${deinit_all:+--all} "$@"

要删除添加的子模块，请使用：

REPOSITORY=blah@blah.com:repos/blah.git
MOD_DIR=lib/blah
git submodule add $REPOSITORY $MOD_DIR

Run:

git rm $MOD_DIR

就是这样。

对于旧版本的git（约为1.8.5，实际上甚至在2.26.2中），请使用：

git submodule deinit $MOD_DIR
git rm $MOD_DIR
git config -f .gitmodules --remove-section submodule.$MOD_DIR

只是一张纸条。从git1.8.5.2开始，有两个命令可以执行：

git rm -r the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule

正如@Mark Cheverton的回答正确指出的那样，如果没有使用第二行，即使您现在删除了子模块，剩余的.git/modules/the_submodule文件夹也将阻止将来添加或替换相同的子模块。此外，正如@VonC所提到的，gitrm将在子模块上完成大部分工作。

--更新（07/05/2017）--

为了澄清，_submodule是项目中子模块的相对路径。例如，如果子模块位于子目录subdir内，则为subdir/my_submodule。

正如评论和其他答案中正确指出的，这两个命令（虽然功能上足以删除子模块）确实在.git/config的[submodule“the_submodule”]部分留下了痕迹（截至2017年7月），可以使用第三个命令删除：

git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule 2> /dev/null