如果你想删除子模块而不从本地文件系统中删除文件夹，我可以这样做：

MOD=example
git rm --cached -f apps/$MOD
git config -f .gitmodules --remove-section submodule.$MOD

除了这些建议之外，我还必须rm-Rf.git/modules/path/to/submodule，才能添加一个同名的新子模块（在我的例子中，我用原来的fork替换了一个fork）

我最近发现了一个git项目，其中包含许多有用的git相关命令：https://github.com/visionmedia/git-extras

安装并键入：

git-delete-submodule submodule

然后事情就完成了。子模块目录将从repo中删除，并且仍然存在于文件系统中。然后可以提交更改，如：gitcommit-am“Remove the submodule”。

project dir:     ~/foo_project/
submodule:       ~/foo_project/lib/asubmodule
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
run:
  1.   cd ~/foo_project
  2.   git rm lib/asubmodule && 
          rm .git/modules/lib/asubmodule && 
            git submodule lib/asubmodule deinit --recursive --force

只是一张纸条。从git1.8.5.2开始，有两个命令可以执行：

git rm -r the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule

正如@Mark Cheverton的回答正确指出的那样，如果没有使用第二行，即使您现在删除了子模块，剩余的.git/modules/the_submodule文件夹也将阻止将来添加或替换相同的子模块。此外，正如@VonC所提到的，gitrm将在子模块上完成大部分工作。

--更新（07/05/2017）--

为了澄清，_submodule是项目中子模块的相对路径。例如，如果子模块位于子目录subdir内，则为subdir/my_submodule。

正如评论和其他答案中正确指出的，这两个命令（虽然功能上足以删除子模块）确实在.git/config的[submodule“the_submodule”]部分留下了痕迹（截至2017年7月），可以使用第三个命令删除：

git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule 2> /dev/null

如果你想删除子模块而不从本地文件系统中删除文件夹，我可以这样做：

MOD=example
git rm --cached -f apps/$MOD
git config -f .gitmodules --remove-section submodule.$MOD