我想从目录中读取几个CSV文件到熊猫，并将它们连接到一个大的DataFrame。不过我还没弄明白。以下是我目前所掌握的:
import glob
import pandas as pd
# Get data file names
path = r'C:\DRO\DCL_rawdata_files'
filenames = glob.glob(path + "/*.csv")
dfs = []
for filename in filenames:
dfs.append(pd.read_csv(filename))
# Concatenate all data into one DataFrame
big_frame = pd.concat(dfs, ignore_index=True)
我想我在for循环中需要一些帮助?
当前回答
我在谷歌上找到了高拉夫·辛格的答案。
然而，到最近为止，我发现使用NumPy进行任何操作，然后将其分配给一个数据帧，而不是在迭代的基础上操作数据帧本身，这似乎在这个解决方案中也有效。
我真诚地希望访问此页的任何人都能考虑这种方法，但我不想将这段巨大的代码作为注释附加，从而降低其可读性。
您可以利用NumPy来真正加速数据帧连接。
import os
import glob
import pandas as pd
import numpy as np
path = "my_dir_full_path"
allFiles = glob.glob(os.path.join(path,"*.csv"))
np_array_list = []
for file_ in allFiles:
df = pd.read_csv(file_,index_col=None, header=0)
np_array_list.append(df.as_matrix())
comb_np_array = np.vstack(np_array_list)
big_frame = pd.DataFrame(comb_np_array)
big_frame.columns = ["col1", "col2"....]
时间统计:
total files :192
avg lines per file :8492
--approach 1 without NumPy -- 8.248656988143921 seconds ---
total records old :1630571
--approach 2 with NumPy -- 2.289292573928833 seconds ---
其他回答
import glob
import os
import pandas as pd
df = pd.concat(map(pd.read_csv, glob.glob(os.path.join('', "my_files*.csv"))))
我在谷歌上找到了高拉夫·辛格的答案。
然而，到最近为止，我发现使用NumPy进行任何操作，然后将其分配给一个数据帧，而不是在迭代的基础上操作数据帧本身，这似乎在这个解决方案中也有效。
我真诚地希望访问此页的任何人都能考虑这种方法，但我不想将这段巨大的代码作为注释附加，从而降低其可读性。
您可以利用NumPy来真正加速数据帧连接。
import os
import glob
import pandas as pd
import numpy as np
path = "my_dir_full_path"
allFiles = glob.glob(os.path.join(path,"*.csv"))
np_array_list = []
for file_ in allFiles:
df = pd.read_csv(file_,index_col=None, header=0)
np_array_list.append(df.as_matrix())
comb_np_array = np.vstack(np_array_list)
big_frame = pd.DataFrame(comb_np_array)
big_frame.columns = ["col1", "col2"....]
时间统计:
total files :192
avg lines per file :8492
--approach 1 without NumPy -- 8.248656988143921 seconds ---
total records old :1630571
--approach 2 with NumPy -- 2.289292573928833 seconds ---
考虑使用convtools库，它提供了大量数据处理原语，并在底层生成简单的临时代码。 它不应该比熊猫/极地快，但有时它可以。
例如，你可以连接到一个CSV文件进一步重用-这是代码:
import glob
from convtools import conversion as c
from convtools.contrib.tables import Table
import pandas as pd
def test_pandas():
df = pd.concat(
(
pd.read_csv(filename, index_col=None, header=0)
for filename in glob.glob("tmp/*.csv")
),
axis=0,
ignore_index=True,
)
df.to_csv("out.csv", index=False)
# took 20.9 s
def test_convtools():
table = None
for filename in glob.glob("tmp/*.csv"):
table_ = Table.from_csv(filename, header=False)
if table is None:
table = table_
else:
table = table.chain(table_)
table.into_csv("out_convtools.csv", include_header=False)
# took 15.8 s
当然，如果你只是想获得一个数据帧而不写入一个连接文件，它将相应地花费4.63秒和10.9秒(pandas在这里更快，因为它不需要压缩列来写入回)。
可选择使用pathlib库(通常优先于os.path)。
该方法避免了重复使用pandas concat()/ apping()。
从熊猫文档中可以看到: 值得注意的是，concat()(因此append())会生成数据的完整副本，并且不断重用此函数会产生显著的性能影响。如果需要对多个数据集使用操作，请使用列表推导式。
import pandas as pd
from pathlib import Path
dir = Path("../relevant_directory")
df = (pd.read_csv(f) for f in dir.glob("*.csv"))
df = pd.concat(df)
使用map的一行代码，但是如果你想指定额外的参数，你可以这样做:
import pandas as pd
import glob
import functools
df = pd.concat(map(functools.partial(pd.read_csv, sep='|', compression=None),
glob.glob("data/*.csv")))
注意:map本身不允许您提供额外的参数。
