我想用IPython笔记本电脑来交互式分析我用Biopython的基因组图模块制作的一些基因组图。虽然有大量关于如何使用matplotlib在IPython笔记本中获得内联图形的文档，但GenomeDiagram使用ReportLab工具包，我认为IPython不支持该工具包。
然而，我在想，一种解决这个问题的方法是将绘图/基因组图写入一个文件，然后内联打开图像，结果会是这样的:
gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")
然而，我不知道如何做到这一点，也不知道这是否可行。那么有人知道IPython中是否可以打开/显示图像吗?
当前回答
你可以直接使用这个，不用进口PIL
from IPython.display import Image, display
display(Image(base_image_path))
其他回答
这是使用opencv-python的解决方案，但它打开的新窗口在等待中很忙
import cv2 # pip install opencv-python
image = cv2.imread("foo.png")
cv2.imshow('test',image)
cv2.waitKey(duration) # in milliseconds; duration=0 means waiting forever
cv2.destroyAllWindows()
如果您不想在另一个窗口中显示图像，请使用matplotlib或其他工具来代替cv2.imshow()
import cv2
import matplotlib.pyplot as plt
image = cv2.imread("foo.png")
plt.imshow(cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2RGB))
plt.show()
另一个选择是:
from matplotlib import pyplot as plt
from io import BytesIO
from PIL import Image
import Ipython
f = BytesIO()
plt.savefig(f, format='png')
Ipython.display.display(Ipython.display.Image(data=f.getvalue()))
f.close()
从图像数组中绘制内联图的另一个选项可以是:
import IPython
def showimg(a):
IPython.display.display(PIL.Image.fromarray(a))
a是数组
a.shape
(720, 1280, 3)
注意，到目前为止发布的解决方案只适用于png和jpg!
如果你想让它更简单，而不需要导入更多的库，或者你想在你的Ipython Notebook中显示一个动画或非动画的GIF文件。转换行，你想显示它markdown和使用这个漂亮的短hack!
这将在Jupyter中导入并显示。jpg图像(在Anaconda环境中使用Python 2.7测试)
from IPython.display import display
from PIL import Image
path="/path/to/image.jpg"
display(Image.open(path))
您可能需要安装PIL
在《Anaconda》中，这是通过输入完成的
conda install pillow
