我想用IPython笔记本电脑来交互式分析我用Biopython的基因组图模块制作的一些基因组图。虽然有大量关于如何使用matplotlib在IPython笔记本中获得内联图形的文档,但GenomeDiagram使用ReportLab工具包,我认为IPython不支持该工具包。

然而,我在想,一种解决这个问题的方法是将绘图/基因组图写入一个文件,然后内联打开图像,结果会是这样的:

gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")

然而,我不知道如何做到这一点,也不知道这是否可行。那么有人知道IPython中是否可以打开/显示图像吗?


当前回答

注意,到目前为止发布的解决方案只适用于png和jpg!

如果你想让它更简单,而不需要导入更多的库,或者你想在你的Ipython Notebook中显示一个动画或非动画的GIF文件。转换行,你想显示它markdown和使用这个漂亮的短hack!

![alt text](test.gif "Title")

其他回答

如果试图在循环中以这种方式显示Image,则需要将Image构造函数包装在显示方法中。

from IPython.display import Image, display

listOfImageNames = ['/path/to/images/1.png',
                    '/path/to/images/2.png']

for imageName in listOfImageNames:
    display(Image(filename=imageName))

这将在Jupyter中导入并显示。jpg图像(在Anaconda环境中使用Python 2.7测试)

from IPython.display import display
from PIL import Image


path="/path/to/image.jpg"
display(Image.open(path))

您可能需要安装PIL

在《Anaconda》中,这是通过输入完成的

conda install pillow

通过这篇文章,你可以做到以下几点:

from IPython.display import Image
Image(filename='test.png') 

(官方文档)

from IPython.display import Image

Image(filename =r'C:\user\path')

我见过一些解决方案,有些不会工作,因为原始目录,当添加像上面这样的代码时,只记得在目录前添加'r'。这应该可以避免这种错误:(unicode error)'unicodeescape'编解码器无法解码位置2-3中的字节:截断的\UXXXXXXXX转义

注意,到目前为止发布的解决方案只适用于png和jpg!

如果你想让它更简单,而不需要导入更多的库,或者你想在你的Ipython Notebook中显示一个动画或非动画的GIF文件。转换行,你想显示它markdown和使用这个漂亮的短hack!

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