我想用IPython笔记本电脑来交互式分析我用Biopython的基因组图模块制作的一些基因组图。虽然有大量关于如何使用matplotlib在IPython笔记本中获得内联图形的文档,但GenomeDiagram使用ReportLab工具包,我认为IPython不支持该工具包。

然而,我在想,一种解决这个问题的方法是将绘图/基因组图写入一个文件,然后内联打开图像,结果会是这样的:

gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")

然而,我不知道如何做到这一点,也不知道这是否可行。那么有人知道IPython中是否可以打开/显示图像吗?


当前回答

从图像数组中绘制内联图的另一个选项可以是:

import IPython
def showimg(a):
    IPython.display.display(PIL.Image.fromarray(a))

a是数组

a.shape
(720, 1280, 3)

其他回答

这是使用opencv-python的解决方案,但它打开的新窗口在等待中很忙

import cv2 # pip install opencv-python
image = cv2.imread("foo.png")
cv2.imshow('test',image)
cv2.waitKey(duration) # in milliseconds; duration=0 means waiting forever
cv2.destroyAllWindows()

如果您不想在另一个窗口中显示图像,请使用matplotlib或其他工具来代替cv2.imshow()

import cv2
import matplotlib.pyplot as plt
image = cv2.imread("foo.png")
plt.imshow(cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2RGB))
plt.show()

多亏了这个页面,我发现当上面的建议不起作用时,这个方法是有效的:

import PIL.Image
from cStringIO import StringIO
import IPython.display
import numpy as np
def showarray(a, fmt='png'):
    a = np.uint8(a)
    f = StringIO()
    PIL.Image.fromarray(a).save(f, fmt)
    IPython.display.display(IPython.display.Image(data=f.getvalue()))

你可以在markdown部分使用html代码: 例子:

 <img src="https://www.tensorflow.org/images/colab_logo_32px.png" />

通过这篇文章,你可以做到以下几点:

from IPython.display import Image
Image(filename='test.png') 

(官方文档)

你可以直接使用这个,不用进口PIL

from IPython.display import Image, display
    
    display(Image(base_image_path))