我想用IPython笔记本电脑来交互式分析我用Biopython的基因组图模块制作的一些基因组图。虽然有大量关于如何使用matplotlib在IPython笔记本中获得内联图形的文档,但GenomeDiagram使用ReportLab工具包,我认为IPython不支持该工具包。

然而,我在想,一种解决这个问题的方法是将绘图/基因组图写入一个文件,然后内联打开图像,结果会是这样的:

gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")

然而,我不知道如何做到这一点,也不知道这是否可行。那么有人知道IPython中是否可以打开/显示图像吗?


当前回答

另一个选择是:

from matplotlib import pyplot as plt 
from io import BytesIO
from PIL import Image
import Ipython

f = BytesIO()
plt.savefig(f, format='png')
Ipython.display.display(Ipython.display.Image(data=f.getvalue()))
f.close()

其他回答

from IPython.display import Image

Image(filename =r'C:\user\path')

我见过一些解决方案,有些不会工作,因为原始目录,当添加像上面这样的代码时,只记得在目录前添加'r'。这应该可以避免这种错误:(unicode error)'unicodeescape'编解码器无法解码位置2-3中的字节:截断的\UXXXXXXXX转义

如果你想有效地显示大量的图像,我建议使用IPyPlot包

import ipyplot

ipyplot.plot_images(images_array, max_images=20, img_width=150)

该包中还有一些其他有用的功能,您可以在交互式选项卡(每个标签/类的单独选项卡)中显示图像,这对所有ML分类任务非常有帮助。

另一个选择是:

from matplotlib import pyplot as plt 
from io import BytesIO
from PIL import Image
import Ipython

f = BytesIO()
plt.savefig(f, format='png')
Ipython.display.display(Ipython.display.Image(data=f.getvalue()))
f.close()

注意,到目前为止发布的解决方案只适用于png和jpg!

如果你想让它更简单,而不需要导入更多的库,或者你想在你的Ipython Notebook中显示一个动画或非动画的GIF文件。转换行,你想显示它markdown和使用这个漂亮的短hack!

![alt text](test.gif "Title")

你可以在markdown部分使用html代码: 例子:

 <img src="https://www.tensorflow.org/images/colab_logo_32px.png" />