最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。

是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?


当前回答

上面的许多答案(以及这个问题的副本)依赖于安装。包装是不好的形式。从文档中可以看到:

当安装了数千个包时,这可能会很慢,所以不要使用它来查找是否安装了指定的包(使用system. exe)。或者查找一个包是否可用(调用require并检查返回值),或者查找少量包的详细信息(使用packageDescription)。每个安装的包需要读取几个文件,这在Windows和一些网络挂载的文件系统上会很慢。

因此,更好的方法是尝试使用require和install加载包,如果加载失败(如果没有找到require将返回FALSE)。我更喜欢这样的实现:

using<-function(...) {
    libs<-unlist(list(...))
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
    need<-libs[req==FALSE]
    if(length(need)>0){ 
        install.packages(need)
        lapply(need,require,character.only=TRUE)
    }
}

可以这样使用:

using("RCurl","ggplot2","jsonlite","magrittr")

通过这种方式,它加载所有的包,然后返回并安装所有丢失的包(如果您愿意,可以在这里插入提示,询问用户是否想要安装包)。而不是调用install。对于每个包,它只传递一次卸载包的整个向量。

下面是相同的函数,但是有一个窗口对话框,询问用户是否想要安装缺少的包

using<-function(...) {
    libs<-unlist(list(...))
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
    need<-libs[req==FALSE]
    n<-length(need)
    if(n>0){
        libsmsg<-if(n>2) paste(paste(need[1:(n-1)],collapse=", "),",",sep="") else need[1]
        print(libsmsg)
        if(n>1){
            libsmsg<-paste(libsmsg," and ", need[n],sep="")
        }
        libsmsg<-paste("The following packages could not be found: ",libsmsg,"\n\r\n\rInstall missing packages?",collapse="")
        if(winDialog(type = c("yesno"), libsmsg)=="YES"){       
            install.packages(need)
            lapply(need,require,character.only=TRUE)
        }
    }
}

其他回答

下面这个简单的函数非常好用:

  usePackage<-function(p){
      # load a package if installed, else load after installation.
      # Args:
      #   p: package name in quotes

      if (!is.element(p, installed.packages()[,1])){
        print(paste('Package:',p,'Not found, Installing Now...'))
        install.packages(p, dep = TRUE)}
      print(paste('Loading Package :',p))
      require(p, character.only = TRUE)  
    }

(不是我的,一段时间前在网上找到了这个,从那时起就一直在使用它。不确定原始来源)

今天,我偶然发现了rlang包提供的两个方便函数,即is_installed()和check_installed()。

从帮助页面(强调添加):

These functions check that packages are installed with minimal side effects. If installed, the packages will be loaded but not attached. is_installed() doesn't interact with the user. It simply returns TRUE or FALSE depending on whether the packages are installed. In interactive sessions, check_installed() asks the user whether to install missing packages. If the user accepts, the packages are installed [...]. If the session is non interactive or if the user chooses not to install the packages, the current evaluation is aborted.

interactive()
#> [1] FALSE
rlang::is_installed(c("dplyr"))
#> [1] TRUE
rlang::is_installed(c("foobarbaz"))
#> [1] FALSE
rlang::check_installed(c("dplyr"))
rlang::check_installed(c("foobarbaz"))
#> Error:
#> ! The package `foobarbaz` is required.

由reprex包在2022-03-25创建(v2.0.1)

你可以使用find.package()。

这里几乎所有的答案都依赖于(1)require()或(2)installed.packages()来检查给定的包是否已经安装。

我添加了一个答案,因为这些对于回答这个问题的轻量级方法来说是不令人满意的。

Require具有加载包的名称空间的副作用,这可能并不总是可取的 安装。Packages是点燃蜡烛的火箭筒——它将首先检查所有已安装的包,然后我们检查这个库中是否有一个(或几个)包“库存”。没有必要为了找一根针而堆一堆干草堆。

这个答案也是受到@ArtemKlevtsov的启发,以类似的精神回答了这个问题的复制版本。他指出system.file(package=x)可以达到预期的效果,即返回“如果包未安装,则返回nchar > 1”。

如果我们深入了解系统。File实现了这个,我们可以看到它使用了不同的基函数find。包,我们可以直接使用:

# a package that exists
find.package('data.table', quiet=TRUE)
# [1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/data.table"

# a package that does not
find.package('InstantaneousWorldPeace', quiet=TRUE)
# character(0)

我们还可以在find中查看引擎盖下的内容。包来看看它是如何工作的,但这主要是一个有指导意义的练习——我看到的唯一简化函数的方法是跳过一些健壮性检查。但是基本的想法是:在. libpaths()中查找——任何安装的包pkg将在file.path(. libpaths (), pkg)处有一个DESCRIPTION文件,因此快速检查file.exists(file.path(. libpaths (), pkg, 'DESCRIPTION')。

这就是rbundler包的目的:提供一种方法来控制为特定项目安装的包。现在,这个包使用devtools功能将包安装到项目的目录中。该功能类似于Ruby的捆绑器。

如果你的项目是一个包(推荐),那么你所要做的就是加载rbundler并捆绑包。bundle函数将查看包的DESCRIPTION文件,以确定要捆绑哪些包。

library(rbundler)
bundle('.', repos="http://cran.us.r-project.org")

现在这些包将安装在. rbundle目录中。

如果你的项目不是一个包,那么你可以在项目的根目录中创建一个DESCRIPTION文件,其中包含一个Depends字段,列出你想要安装的包(包括可选的版本信息):

Depends: ggplot2 (>= 0.9.2), arm, glmnet

如果你对这个项目感兴趣,这里是github回购:rbundler。

虽然Shane的回答很好,但对于我的一个项目,我需要自动删除输出消息、警告和安装包。我终于设法得到这个脚本:

InstalledPackage <- function(package) 
{
    available <- suppressMessages(suppressWarnings(sapply(package, require, quietly = TRUE, character.only = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
    missing <- package[!available]
    if (length(missing) > 0) return(FALSE)
    return(TRUE)
}

CRANChoosen <- function()
{
    return(getOption("repos")["CRAN"] != "@CRAN@")
}

UsePackage <- function(package, defaultCRANmirror = "http://cran.at.r-project.org") 
{
    if(!InstalledPackage(package))
    {
        if(!CRANChoosen())
        {       
            chooseCRANmirror()
            if(!CRANChoosen())
            {
                options(repos = c(CRAN = defaultCRANmirror))
            }
        }

        suppressMessages(suppressWarnings(install.packages(package)))
        if(!InstalledPackage(package)) return(FALSE)
    }
    return(TRUE)
}

Use:

libraries <- c("ReadImages", "ggplot2")
for(library in libraries) 
{ 
    if(!UsePackage(library))
    {
        stop("Error!", library)
    }
}