最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。
是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?
最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。
是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?
当前回答
达森·k和我有一个吃豆人包可以很好地做到这一点。包中的p_load函数执行此操作。第一行代码只是为了确保安装了pacman。
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load(package1, package2, package_n)
其他回答
pckg=c("shiny","ggplot2","dplyr","leaflet","lubridate","RColorBrewer","plotly","DT","shinythemes")
for(i in 1:length(pckg))
{
print(pckg[i])
if (!is.element(pckg[i], installed.packages()[,1]))
install.packages(pckg[i], dep = TRUE)
require(pckg[i], character.only = TRUE)
}
虽然Shane的回答很好,但对于我的一个项目,我需要自动删除输出消息、警告和安装包。我终于设法得到这个脚本:
InstalledPackage <- function(package)
{
available <- suppressMessages(suppressWarnings(sapply(package, require, quietly = TRUE, character.only = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
missing <- package[!available]
if (length(missing) > 0) return(FALSE)
return(TRUE)
}
CRANChoosen <- function()
{
return(getOption("repos")["CRAN"] != "@CRAN@")
}
UsePackage <- function(package, defaultCRANmirror = "http://cran.at.r-project.org")
{
if(!InstalledPackage(package))
{
if(!CRANChoosen())
{
chooseCRANmirror()
if(!CRANChoosen())
{
options(repos = c(CRAN = defaultCRANmirror))
}
}
suppressMessages(suppressWarnings(install.packages(package)))
if(!InstalledPackage(package)) return(FALSE)
}
return(TRUE)
}
Use:
libraries <- c("ReadImages", "ggplot2")
for(library in libraries)
{
if(!UsePackage(library))
{
stop("Error!", library)
}
}
确定。
您需要比较“已安装的包”和“所需的包”。这非常接近于我用蔓越莓做的事情,因为我需要比较“存储的已知包”和“当前已知的包”,以确定新的和/或更新的包。
就像这样
AP <- available.packages(contrib.url(repos[i,"url"])) # available t repos[i]
为了获得所有已知的包,模拟调用当前安装的包,并将其与给定的目标包集进行比较。
我已经实现了无声安装和加载所需R包的功能。希望也许会有所帮助。代码如下:
# Function to Install and Load R Packages
Install_And_Load <- function(Required_Packages)
{
Remaining_Packages <- Required_Packages[!(Required_Packages %in% installed.packages()[,"Package"])];
if(length(Remaining_Packages))
{
install.packages(Remaining_Packages);
}
for(package_name in Required_Packages)
{
library(package_name,character.only=TRUE,quietly=TRUE);
}
}
# Specify the list of required packages to be installed and load
Required_Packages=c("ggplot2", "Rcpp");
# Call the Function
Install_And_Load(Required_Packages);
有一个新的包(我是一个联合开发人员),Require,它是可复制工作流的一部分,这意味着函数在第一次运行或后续运行时产生相同的输出,也就是说,无论开始状态如何,最终状态都是相同的。下面安装任何缺失的包(我包含require = FALSE以严格解决最初的问题…通常我把这个设置为默认值,因为我通常希望它们加载到搜索路径)。
这两行位于我编写的每个脚本的顶部(根据需要调整包的选择),允许任何人在任何条件下(包括任何或所有依赖项缺失)使用脚本。
if (!require("Require")) install.packages("Require")
Require::Require(c("ggplot2", "Rcpp"), require = FALSE)
因此,您可以在脚本中使用它或将其传递给任何人。