最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。

是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?


当前回答

确定。

您需要比较“已安装的包”和“所需的包”。这非常接近于我用蔓越莓做的事情,因为我需要比较“存储的已知包”和“当前已知的包”,以确定新的和/或更新的包。

就像这样

AP <- available.packages(contrib.url(repos[i,"url"]))   # available t repos[i]

为了获得所有已知的包,模拟调用当前安装的包,并将其与给定的目标包集进行比较。

其他回答

你可以使用find.package()。

这里几乎所有的答案都依赖于(1)require()或(2)installed.packages()来检查给定的包是否已经安装。

我添加了一个答案,因为这些对于回答这个问题的轻量级方法来说是不令人满意的。

Require具有加载包的名称空间的副作用,这可能并不总是可取的 安装。Packages是点燃蜡烛的火箭筒——它将首先检查所有已安装的包,然后我们检查这个库中是否有一个(或几个)包“库存”。没有必要为了找一根针而堆一堆干草堆。

这个答案也是受到@ArtemKlevtsov的启发,以类似的精神回答了这个问题的复制版本。他指出system.file(package=x)可以达到预期的效果,即返回“如果包未安装,则返回nchar > 1”。

如果我们深入了解系统。File实现了这个,我们可以看到它使用了不同的基函数find。包,我们可以直接使用:

# a package that exists
find.package('data.table', quiet=TRUE)
# [1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/data.table"

# a package that does not
find.package('InstantaneousWorldPeace', quiet=TRUE)
# character(0)

我们还可以在find中查看引擎盖下的内容。包来看看它是如何工作的,但这主要是一个有指导意义的练习——我看到的唯一简化函数的方法是跳过一些健壮性检查。但是基本的想法是:在. libpaths()中查找——任何安装的包pkg将在file.path(. libpaths (), pkg)处有一个DESCRIPTION文件,因此快速检查file.exists(file.path(. libpaths (), pkg, 'DESCRIPTION')。

让我分享一点疯狂:

c("ggplot2","ggsci", "hrbrthemes", "gghighlight", "dplyr") %>%  # What will you need to load for this script?
  (function (x) ifelse(t =!(x %in% installed.packages()), 
    install.packages(x[t]),
    lapply(x, require))) 

今天,我偶然发现了rlang包提供的两个方便函数,即is_installed()和check_installed()。

从帮助页面(强调添加):

These functions check that packages are installed with minimal side effects. If installed, the packages will be loaded but not attached. is_installed() doesn't interact with the user. It simply returns TRUE or FALSE depending on whether the packages are installed. In interactive sessions, check_installed() asks the user whether to install missing packages. If the user accepts, the packages are installed [...]. If the session is non interactive or if the user chooses not to install the packages, the current evaluation is aborted.

interactive()
#> [1] FALSE
rlang::is_installed(c("dplyr"))
#> [1] TRUE
rlang::is_installed(c("foobarbaz"))
#> [1] FALSE
rlang::check_installed(c("dplyr"))
rlang::check_installed(c("foobarbaz"))
#> Error:
#> ! The package `foobarbaz` is required.

由reprex包在2022-03-25创建(v2.0.1)

非常基本的一个。

pkgs = c("pacman","data.table")
if(length(new.pkgs <- setdiff(pkgs, rownames(installed.packages())))) install.packages(new.pkgs)

你可以使用require的返回值:

if(!require(somepackage)){
    install.packages("somepackage")
    library(somepackage)
}

我在安装后使用library,因为如果安装不成功或由于其他原因无法加载包,它将抛出异常。您可以使其更加健壮和可重用:

dynamic_require <- function(package){
  if(eval(parse(text=paste("require(",package,")")))) return(TRUE)
  
  install.packages(package)
  return(eval(parse(text=paste("require(",package,")"))))
}

此方法的缺点是必须以引号传递包名,而对于真正的require则不这样做。