现在,每次运行脚本时,我都会导入一个相当大的CSV作为数据框架。是否有一个好的解决方案来保持数据帧在运行之间不断可用,这样我就不必花费所有的时间等待脚本运行?
当前回答
如果我理解正确的话,你已经在使用pandas.read_csv(),但想要加快开发过程,这样你就不必每次编辑脚本时都加载文件,对吗?我有一些建议:
you could load in only part of the CSV file using pandas.read_csv(..., nrows=1000) to only load the top bit of the table, while you're doing the development use ipython for an interactive session, such that you keep the pandas table in memory as you edit and reload your script. convert the csv to an HDF5 table updated use DataFrame.to_feather() and pd.read_feather() to store data in the R-compatible feather binary format that is super fast (in my hands, slightly faster than pandas.to_pickle() on numeric data and much faster on string data).
您可能还会对stackoverflow上的答案感兴趣。
其他回答
如果我理解正确的话,你已经在使用pandas.read_csv(),但想要加快开发过程,这样你就不必每次编辑脚本时都加载文件,对吗?我有一些建议:
you could load in only part of the CSV file using pandas.read_csv(..., nrows=1000) to only load the top bit of the table, while you're doing the development use ipython for an interactive session, such that you keep the pandas table in memory as you edit and reload your script. convert the csv to an HDF5 table updated use DataFrame.to_feather() and pd.read_feather() to store data in the R-compatible feather binary format that is super fast (in my hands, slightly faster than pandas.to_pickle() on numeric data and much faster on string data).
您可能还会对stackoverflow上的答案感兴趣。
Numpy文件格式对于数字数据来说非常快
我更喜欢使用numpy文件,因为它们快速且易于使用。 下面是一个简单的基准测试,用于保存和加载一个包含100万个点的1列数据框架。
import numpy as np
import pandas as pd
num_dict = {'voltage': np.random.rand(1000000)}
num_df = pd.DataFrame(num_dict)
使用ipython的%%timeit魔法函数
%%timeit
with open('num.npy', 'wb') as np_file:
np.save(np_file, num_df)
输出为
100 loops, best of 3: 5.97 ms per loop
将数据加载回数据框架
%%timeit
with open('num.npy', 'rb') as np_file:
data = np.load(np_file)
data_df = pd.DataFrame(data)
输出为
100 loops, best of 3: 5.12 ms per loop
不坏!
CONS
如果您使用python 2保存numpy文件,然后尝试使用python 3打开,则会出现问题(反之亦然)。
to_pickle()的另一个非常新鲜的测试。
我总共有25个.csv文件要处理,最终的数据框架由大约2M项组成。
(注意:除了加载.csv文件,我还操作了一些数据,并通过新列扩展数据帧。)
浏览所有25个.csv文件并创建dataframe大约需要14秒。
从pkl文件加载整个数据帧的时间不到1秒
如前所述,有不同的选项和文件格式(HDF5, JSON, CSV, parquet, SQL)来存储数据帧。然而,pickle不是一级公民(取决于你的设置),因为:
泡菜是一个潜在的安全隐患。形成pickle的Python文档:
警告pickle模块不安全 恶意构造的数据。对象接收的数据永远不能解pickle 不受信任或未经身份验证的源。
泡菜很慢。找到这里和这里的基准。
根据您的设置/使用情况,这两个限制都不适用,但我不建议将pickle作为pandas数据帧的默认持久性。
这里有很多很棒和充分的答案,但我想发布一个我在Kaggle上使用的测试,这个测试用不同的pandas兼容格式保存和读取大df:
https://www.kaggle.com/pedrocouto39/fast-reading-w-pickle-feather-parquet-jay
我不是作者,也不是作者的朋友,然而,当我读到这个问题时,我觉得值得一提。
CSV: 1分42秒泡菜:4.45秒羽毛:4.35秒拼花:8.31秒杰伦:8.12毫秒 或者0.0812秒(超快的!)
推荐文章
- 证书验证失败:无法获得本地颁发者证书
- 当使用pip3安装包时,“Python中的ssl模块不可用”
- 无法切换Python与pyenv
- Python if not == vs if !=
- 确定每列中NA值的个数
- 如何从scikit-learn决策树中提取决策规则?
- 为什么在Mac OS X v10.9 (Mavericks)的终端中apt-get功能不起作用?
- 将旋转的xtick标签与各自的xtick对齐
- 为什么元组可以包含可变项?
- 如何合并字典的字典?
- 如何创建类属性?
- 如何结合多个条件子集数据帧使用“或”?
- 不区分大小写的“in”
- 在Python中获取迭代器中的元素个数
- 解析日期字符串并更改格式