假设我们有一个包含多个data.csv文件的文件夹,每个文件包含相同数量的变量,但每个变量来自不同的时间。 在R中是否有一种方法可以同时导入它们而不是逐个导入?
我的问题是我有大约2000个数据文件要导入,并且只能通过使用代码单独导入它们:
read.delim(file="filename", header=TRUE, sep="\t")
效率不高。
假设我们有一个包含多个data.csv文件的文件夹,每个文件包含相同数量的变量,但每个变量来自不同的时间。 在R中是否有一种方法可以同时导入它们而不是逐个导入?
我的问题是我有大约2000个数据文件要导入,并且只能通过使用代码单独导入它们:
read.delim(file="filename", header=TRUE, sep="\t")
效率不高。
当前回答
基于dnlbrk的注释,对于大文件,assign可以比list2env快得多。
library(readr)
library(stringr)
List_of_file_paths <- list.files(path ="C:/Users/Anon/Documents/Folder_with_csv_files/", pattern = ".csv", all.files = TRUE, full.names = TRUE)
通过将full.names参数设置为true,您将在文件列表中获得每个文件的完整路径作为单独的字符串,例如,List_of_file_paths[1]将类似于"C:/Users/Anon/Documents/Folder_with_csv_files/ fil1 .csv"
for(f in 1:length(List_of_filepaths)) {
file_name <- str_sub(string = List_of_filepaths[f], start = 46, end = -5)
file_df <- read_csv(List_of_filepaths[f])
assign( x = file_name, value = file_df, envir = .GlobalEnv)
}
你可以利用这些数据。table package的fread或base R read.csv而不是read_csv。file_name步骤允许您整理名称,以便每个数据帧不保留文件的完整路径作为其名称。 在将数据表传输到全局环境之前,您可以扩展循环对数据表做进一步的处理,例如:
for(f in 1:length(List_of_filepaths)) {
file_name <- str_sub(string = List_of_filepaths[f], start = 46, end = -5)
file_df <- read_csv(List_of_filepaths[f])
file_df <- file_df[,1:3] #if you only need the first three columns
assign( x = file_name, value = file_df, envir = .GlobalEnv)
}
其他回答
这是我开发的代码,读取所有csv文件到R.它将为每个csv文件单独创建一个dataframe,并标题dataframe文件的原始名称(删除空格和.csv),我希望你发现它有用!
path <- "C:/Users/cfees/My Box Files/Fitness/"
files <- list.files(path=path, pattern="*.csv")
for(file in files)
{
perpos <- which(strsplit(file, "")[[1]]==".")
assign(
gsub(" ","",substr(file, 1, perpos-1)),
read.csv(paste(path,file,sep="")))
}
除了使用lapply或R中的其他循环构造,您还可以将CSV文件合并到一个文件中。
在Unix中,如果文件没有头文件,那么很简单:
cat *.csv > all.csv
或者如果有标题,你可以找到一个字符串匹配标题,只有标题(即假设标题行都以“年龄”开头),你会这样做:
cat *.csv | grep -v ^Age > all.csv
我认为在Windows中,你可以通过DOS命令框中的COPY和SEARCH(或FIND或其他什么)来做到这一点,但为什么不安装cygwin并获得Unix命令shell的强大功能呢?
我喜欢使用list.files(), lapply()和list2env()(或fs::dir_ls(), purrr::map()和list2env())的方法。这看起来既简单又灵活。
或者,您可以尝试小包{tor} (to-R):默认情况下,它将文件从工作目录导入到列表(list_*()变量)或全局环境(load_*()变量)。
例如,这里我使用tor::list_csv()将我工作目录中的所有.csv文件读入一个列表:
library(tor)
dir()
#> [1] "_pkgdown.yml" "cran-comments.md" "csv1.csv"
#> [4] "csv2.csv" "datasets" "DESCRIPTION"
#> [7] "docs" "inst" "LICENSE.md"
#> [10] "man" "NAMESPACE" "NEWS.md"
#> [13] "R" "README.md" "README.Rmd"
#> [16] "tests" "tmp.R" "tor.Rproj"
list_csv()
#> $csv1
#> x
#> 1 1
#> 2 2
#>
#> $csv2
#> y
#> 1 a
#> 2 b
现在我用tor::load_csv()将这些文件加载到我的全局环境中:
# The working directory contains .csv files
dir()
#> [1] "_pkgdown.yml" "cran-comments.md" "CRAN-RELEASE"
#> [4] "csv1.csv" "csv2.csv" "datasets"
#> [7] "DESCRIPTION" "docs" "inst"
#> [10] "LICENSE.md" "man" "NAMESPACE"
#> [13] "NEWS.md" "R" "README.md"
#> [16] "README.Rmd" "tests" "tmp.R"
#> [19] "tor.Rproj"
load_csv()
# Each file is now available as a dataframe in the global environment
csv1
#> x
#> 1 1
#> 2 2
csv2
#> y
#> 1 a
#> 2 b
如果您需要读取特定的文件,您可以使用regexp, ignore匹配它们的文件路径。大小写颠倒。
为了获得更大的灵活性,请使用list_any()。它允许您通过参数.f提供reader函数。
(path_csv <- tor_example("csv"))
#> [1] "C:/Users/LeporeM/Documents/R/R-3.5.2/library/tor/extdata/csv"
dir(path_csv)
#> [1] "file1.csv" "file2.csv"
list_any(path_csv, read.csv)
#> $file1
#> x
#> 1 1
#> 2 2
#>
#> $file2
#> y
#> 1 a
#> 2 b
通过…传递附加参数或者在函数内部。
path_csv %>%
list_any(readr::read_csv, skip = 1)
#> Parsed with column specification:
#> cols(
#> `1` = col_double()
#> )
#> Parsed with column specification:
#> cols(
#> a = col_character()
#> )
#> $file1
#> # A tibble: 1 x 1
#> `1`
#> <dbl>
#> 1 2
#>
#> $file2
#> # A tibble: 1 x 1
#> a
#> <chr>
#> 1 b
path_csv %>%
list_any(~read.csv(., stringsAsFactors = FALSE)) %>%
map(as_tibble)
#> $file1
#> # A tibble: 2 x 1
#> x
#> <int>
#> 1 1
#> 2 2
#>
#> $file2
#> # A tibble: 2 x 1
#> y
#> <chr>
#> 1 a
#> 2 b
使用plyr::ldply,在读取400个csv文件时,通过启用.parallel选项,大约可以提高50%的速度,每个文件大约30-40 MB。示例包括一个文本进度条。
library(plyr)
library(data.table)
library(doSNOW)
csv.list <- list.files(path="t:/data", pattern=".csv$", full.names=TRUE)
cl <- makeCluster(4)
registerDoSNOW(cl)
pb <- txtProgressBar(max=length(csv.list), style=3)
pbu <- function(i) setTxtProgressBar(pb, i)
dt <- setDT(ldply(csv.list, fread, .parallel=TRUE, .paropts=list(.options.snow=list(progress=pbu))))
stopCluster(cl)
这是我读取多个文件并将它们组合成1个数据帧的具体示例:
path<- file.path("C:/folder/subfolder")
files <- list.files(path=path, pattern="/*.csv",full.names = T)
library(data.table)
data = do.call(rbind, lapply(files, function(x) read.csv(x, stringsAsFactors = FALSE)))