Python中是否有SciPy函数或NumPy函数或模块来计算给定特定窗口的1D数组的运行平均值?
当前回答
虽然这里有这个问题的解决方案,但请看看我的解决方案。这是非常简单和工作良好。
import numpy as np
dataset = np.asarray([1, 2, 3, 4, 5, 6, 7])
ma = list()
window = 3
for t in range(0, len(dataset)):
if t+window <= len(dataset):
indices = range(t, t+window)
ma.append(np.average(np.take(dataset, indices)))
else:
ma = np.asarray(ma)
其他回答
有关现成的解决方案,请参见https://scipy-cookbook.readthedocs.io/items/SignalSmooth.html。 它提供了平窗类型的运行平均值。请注意,这比简单的do-it-yourself卷积方法要复杂一些,因为它试图通过反射数据来处理数据开头和结尾的问题(在您的情况下可能有效,也可能无效……)。
首先,你可以试着:
a = np.random.random(100)
plt.plot(a)
b = smooth(a, window='flat')
plt.plot(b)
上述所有的解决方案都很差,因为它们缺乏
由于本机python而不是numpy向量化实现, 数值稳定性,由于numpy使用不当。cumsum或 由于O(len(x) * w)实现为卷积的速度。
鉴于
import numpy
m = 10000
x = numpy.random.rand(m)
w = 1000
注意x_[:w].sum()等于x[:w-1].sum()。因此,对于第一个平均值,numpy.cumsum(…)加上x[w] / w(通过x_[w+1] / w),并减去0(从x_[0] / w)。结果是x[0:w].mean()
通过cumsum,您将通过添加x[w+1] / w并减去x[0] / w来更新第二个平均值,从而得到x[1:w+1].mean()。
这将一直进行,直到到达x[-w:].mean()。
x_ = numpy.insert(x, 0, 0)
sliding_average = x_[:w].sum() / w + numpy.cumsum(x_[w:] - x_[:-w]) / w
这个解是向量化的,O(m),可读且数值稳定。
我的解决方案是基于维基百科上的“简单移动平均”。
from numba import jit
@jit
def sma(x, N):
s = np.zeros_like(x)
k = 1 / N
s[0] = x[0] * k
for i in range(1, N + 1):
s[i] = s[i - 1] + x[i] * k
for i in range(N, x.shape[0]):
s[i] = s[i - 1] + (x[i] - x[i - N]) * k
s = s[N - 1:]
return s
与之前建议的解决方案相比,它比scipy最快的解决方案“uniform_filter1d”快两倍,并且具有相同的错误顺序。 速度测试:
import numpy as np
x = np.random.random(10000000)
N = 1000
from scipy.ndimage.filters import uniform_filter1d
%timeit uniform_filter1d(x, size=N)
95.7 ms ± 9.34 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)
%timeit sma(x, N)
47.3 ms ± 3.42 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1 loop each)
错误的比较:
np.max(np.abs(np.convolve(x, np.ones((N,))/N, mode='valid') - uniform_filter1d(x, size=N, mode='constant', origin=-(N//2))[:-(N-1)]))
8.604228440844963e-14
np.max(np.abs(np.convolve(x, np.ones((N,))/N, mode='valid') - sma(x, N)))
1.41886502547095e-13
这个问题现在甚至比NeXuS上个月写的时候更古老,但我喜欢他的代码处理边缘情况的方式。然而,因为它是一个“简单移动平均”,它的结果滞后于它们应用的数据。我认为,通过对基于卷积()的方法应用类似的方法,可以以比NumPy的模式valid、same和full更令人满意的方式处理边缘情况。
我的贡献使用了一个中央运行平均值,以使其结果与他们的数据相一致。当可供使用的全尺寸窗口的点太少时,将从数组边缘的连续较小窗口计算运行平均值。[实际上,从连续较大的窗口,但这是一个实现细节。]
import numpy as np
def running_mean(l, N):
# Also works for the(strictly invalid) cases when N is even.
if (N//2)*2 == N:
N = N - 1
front = np.zeros(N//2)
back = np.zeros(N//2)
for i in range(1, (N//2)*2, 2):
front[i//2] = np.convolve(l[:i], np.ones((i,))/i, mode = 'valid')
for i in range(1, (N//2)*2, 2):
back[i//2] = np.convolve(l[-i:], np.ones((i,))/i, mode = 'valid')
return np.concatenate([front, np.convolve(l, np.ones((N,))/N, mode = 'valid'), back[::-1]])
它相对较慢,因为它使用了卷积(),并且可能会被真正的Pythonista修饰很多,但是,我相信这个想法是成立的。
虽然这里有这个问题的解决方案,但请看看我的解决方案。这是非常简单和工作良好。
import numpy as np
dataset = np.asarray([1, 2, 3, 4, 5, 6, 7])
ma = list()
window = 3
for t in range(0, len(dataset)):
if t+window <= len(dataset):
indices = range(t, t+window)
ma.append(np.average(np.take(dataset, indices)))
else:
ma = np.asarray(ma)
推荐文章
- 使用散射数据集生成热图
- python:将脚本工作目录更改为脚本自己的目录
- 如何以编程方式获取python.exe位置?
- 如何跳过循环中的迭代?
- 使用Pandas为字符串列中的每个值添加字符串前缀
- ImportError:没有名为matplotlib.pyplot的模块
- 在python中遍历对象属性
- 如何在Python中使用方法重载?
- 在Python中提取文件路径(目录)的一部分
- 如何安装没有根访问权限的python模块?
- 尝试模拟datetime.date.today(),但不工作
- 将行添加到数组
- 如何在Python中直接获得字典键作为变量(而不是通过从值搜索)?
- Python:为什么functools。部分有必要吗?
- 如何用python timeit对代码段进行性能测试?