Python中是否有SciPy函数或NumPy函数或模块来计算给定特定窗口的1D数组的运行平均值?


当前回答

仅使用Python标准库(内存高效)

只提供标准库deque的另一个版本。令我惊讶的是,大多数答案都使用pandas或numpy。

def moving_average(iterable, n=3):
    d = deque(maxlen=n)
    for i in iterable:
        d.append(i)
        if len(d) == n:
            yield sum(d)/n

r = moving_average([40, 30, 50, 46, 39, 44])
assert list(r) == [40.0, 42.0, 45.0, 43.0]

实际上,我在python文档中找到了另一个实现

def moving_average(iterable, n=3):
    # moving_average([40, 30, 50, 46, 39, 44]) --> 40.0 42.0 45.0 43.0
    # http://en.wikipedia.org/wiki/Moving_average
    it = iter(iterable)
    d = deque(itertools.islice(it, n-1))
    d.appendleft(0)
    s = sum(d)
    for elem in it:
        s += elem - d.popleft()
        d.append(elem)
        yield s / n

然而,在我看来,实现似乎比它应该的要复杂一些。但它肯定在标准python文档中是有原因的,有人能评论一下我的实现和标准文档吗?

其他回答

上面的一个答案中有一个mab的注释,它有这个方法。瓶颈有move_mean,这是一个简单的移动平均:

import numpy as np
import bottleneck as bn

a = np.arange(10) + np.random.random(10)

mva = bn.move_mean(a, window=2, min_count=1)

Min_count是一个很方便的参数,它可以取数组中该点的移动平均值。如果你不设置min_count,它将等于window,并且直到window points的所有内容都将是nan。

如果你必须为非常小的数组(少于200个元素)重复这样做,我发现只用线性代数就能得到最快的结果。 最慢的部分是建立你的乘法矩阵y,你只需要做一次,但之后可能会更快。

import numpy as np
import random 

N = 100      # window size
size =200     # array length

x = np.random.random(size)
y = np.eye(size, dtype=float)

# prepare matrix
for i in range(size):
  y[i,i:i+N] = 1./N
  
# calculate running mean
z = np.inner(x,y.T)[N-1:]

仅使用Python标准库(内存高效)

只提供标准库deque的另一个版本。令我惊讶的是,大多数答案都使用pandas或numpy。

def moving_average(iterable, n=3):
    d = deque(maxlen=n)
    for i in iterable:
        d.append(i)
        if len(d) == n:
            yield sum(d)/n

r = moving_average([40, 30, 50, 46, 39, 44])
assert list(r) == [40.0, 42.0, 45.0, 43.0]

实际上,我在python文档中找到了另一个实现

def moving_average(iterable, n=3):
    # moving_average([40, 30, 50, 46, 39, 44]) --> 40.0 42.0 45.0 43.0
    # http://en.wikipedia.org/wiki/Moving_average
    it = iter(iterable)
    d = deque(itertools.islice(it, n-1))
    d.appendleft(0)
    s = sum(d)
    for elem in it:
        s += elem - d.popleft()
        d.append(elem)
        yield s / n

然而,在我看来,实现似乎比它应该的要复杂一些。但它肯定在标准python文档中是有原因的,有人能评论一下我的实现和标准文档吗?

Python标准库解决方案

这个生成器函数接受一个可迭代对象和一个窗口大小为N的值,并生成窗口内当前值的平均值。它使用了deque,这是一种类似于列表的数据结构,但针对在两端进行快速修改(弹出、追加)进行了优化。

from collections import deque
from itertools import islice

def sliding_avg(iterable, N):        
    it = iter(iterable)
    window = deque(islice(it, N))        
    num_vals = len(window)

    if num_vals < N:
        msg = 'window size {} exceeds total number of values {}'
        raise ValueError(msg.format(N, num_vals))

    N = float(N) # force floating point division if using Python 2
    s = sum(window)
    
    while True:
        yield s/N
        try:
            nxt = next(it)
        except StopIteration:
            break
        s = s - window.popleft() + nxt
        window.append(nxt)
        

下面是函数的运行情况:

>>> values = range(100)
>>> N = 5
>>> window_avg = sliding_avg(values, N)
>>> 
>>> next(window_avg) # (0 + 1 + 2 + 3 + 4)/5
>>> 2.0
>>> next(window_avg) # (1 + 2 + 3 + 4 + 5)/5
>>> 3.0
>>> next(window_avg) # (2 + 3 + 4 + 5 + 6)/5
>>> 4.0

另一个解决方案是使用标准库和deque:

from collections import deque
import itertools

def moving_average(iterable, n=3):
    # http://en.wikipedia.org/wiki/Moving_average
    it = iter(iterable) 
    # create an iterable object from input argument
    d = deque(itertools.islice(it, n-1))  
    # create deque object by slicing iterable
    d.appendleft(0)
    s = sum(d)
    for elem in it:
        s += elem - d.popleft()
        d.append(elem)
        yield s / n

# example on how to use it
for i in  moving_average([40, 30, 50, 46, 39, 44]):
    print(i)

# 40.0
# 42.0
# 45.0
# 43.0