这里没有一个答案对我有用。这是有效的。

Test_y = np.nan_to_num(Test_y)

它将无穷大值替换为高有限值，将nan值替换为数字

我有同样的错误，在我的情况下，X和y是数据帧，所以我必须先将它们转换为矩阵:

X = X.values.astype(np.float)
y = y.values.astype(np.float)

编辑:最初建议的X.as_matrix()已弃用

这可能发生在scikit内部，这取决于您正在做什么。我建议阅读您正在使用的函数的文档。你可能会使用一个，例如，你的矩阵是正定的，不满足那个条件。

编辑:我怎么能错过呢?

np.isnan(mat.any()) #and gets False
np.isfinite(mat.all()) #and gets True

显然是错误的。正确的是:

np.any(np.isnan(mat))

and

np.all(np.isfinite(mat))

您想要检查是否有任何元素是NaN，而不是任何函数的返回值是否为数字…

在我的例子中，算法要求数据在(0,1)之间不包含。我非常残酷的解决方案是在所有期望值中添加一个小随机数:

y_train = pd.DataFrame(y_train).applymap(lambda x: x + np.random.rand()/100000.0)["col_name"]
y_train[y_train >= 1] = 0.999999

而y_train在[0,1]的范围内。

这当然不适合所有的情况，因为你会弄乱你的输入数据，但如果你有稀疏的数据，只需要一个快速的预测，这是一个解决方案

我发现在一个新列上调用pct_change后，nan存在于一行中。我用下面的代码删除nan行

df = df.replace([np.inf, -np.inf], np.nan)
df = df.dropna()
df = df.reset_index()

注意:此解决方案仅适用于有意在数据集中保留NaN条目的情况。

这个错误发生在我使用一些scikit-learn功能时(在我的情况下:GridSearchCV)。在底层，我使用了一个xgboost XGBClassifier，它可以优雅地处理NaN数据。然而，GridSearchCV使用sklearn.utils.validation模块，通过调用_assert_all_finite函数强制缺少输入数据中的缺失数据。这最终导致了一个错误:

ValueError: Input contains NaN, infinity or a value too large for dtype('float64')

旁注:_assert_all_finite接受allow_nan参数，如果设置为True，则不会引起问题。但是，scikit-learn API不允许我们控制这个参数。

解决方案

我的解决方案是使用patch模块静默_assert_all_finite函数，这样它就不会引发ValueError。下面是一个片段

import sklearn
with mock.patch("sklearn.utils.validation._assert_all_finite"):
    # your code that raises ValueError

这将用一个虚拟模拟函数替换_assert_all_finite，因此它不会被执行。

请注意，补丁不是一个推荐的做法，可能会导致不可预知的行为!

编辑: 这个Pull Request应该可以解决这个问题(尽管截至2022年1月修复程序还没有发布)