我使用sklearn和有一个问题的亲和传播。我已经建立了一个输入矩阵，我一直得到以下错误。
ValueError: Input contains NaN, infinity or a value too large for dtype('float64').
我已经跑了
np.isnan(mat.any()) #and gets False
np.isfinite(mat.all()) #and gets True
我试着用
mat[np.isfinite(mat) == True] = 0
去除掉无限值，但这也没用。 我要怎么做才能去掉矩阵中的无穷大值，这样我就可以使用亲和传播算法了?
我使用anaconda和python 2.7.9。
当前回答
我有错误后，试图选择一个子集的行:
df = df.reindex(index=my_index)
结果是my_index包含df中不包含的值。索引，所以reindex函数插入一些新行，并用nan填充它们。
其他回答
当我使用sklearn与熊猫时，我得到了同样的错误消息。我的解决方案是在运行任何sklearn代码之前重置我的dataframe df的索引:
df = df.reset_index()
在删除df中的一些条目时，我多次遇到这个问题，例如
df = df[df.label=='desired_one']
注意:此解决方案仅适用于有意在数据集中保留NaN条目的情况。
这个错误发生在我使用一些scikit-learn功能时(在我的情况下:GridSearchCV)。在底层，我使用了一个xgboost XGBClassifier，它可以优雅地处理NaN数据。然而，GridSearchCV使用sklearn.utils.validation模块，通过调用_assert_all_finite函数强制缺少输入数据中的缺失数据。这最终导致了一个错误:
ValueError: Input contains NaN, infinity or a value too large for dtype('float64')
旁注:_assert_all_finite接受allow_nan参数，如果设置为True，则不会引起问题。但是，scikit-learn API不允许我们控制这个参数。
解决方案
我的解决方案是使用patch模块静默_assert_all_finite函数，这样它就不会引发ValueError。下面是一个片段
import sklearn
with mock.patch("sklearn.utils.validation._assert_all_finite"):
# your code that raises ValueError
这将用一个虚拟模拟函数替换_assert_all_finite，因此它不会被执行。
请注意，补丁不是一个推荐的做法，可能会导致不可预知的行为!
编辑: 这个Pull Request应该可以解决这个问题(尽管截至2022年1月修复程序还没有发布)
在处理这个问题很长一段时间后，我意识到这是因为在训练集和测试集的分割中，所有数据行的数据列都是相同的。然后在某些算法中进行一些计算可能会导致无穷大的结果。如果您正在使用的数据的关闭行更可能是相似的，那么重新排列数据会有所帮助。这是scikit的一个漏洞。我使用的是0.23.2版本。
这是它失败的检查:
https://github.com/scikit-learn/scikit-learn/blob/0.17.X/sklearn/utils/validation.py#L51
说
def _assert_all_finite(X):
"""Like assert_all_finite, but only for ndarray."""
X = np.asanyarray(X)
# First try an O(n) time, O(1) space solution for the common case that
# everything is finite; fall back to O(n) space np.isfinite to prevent
# false positives from overflow in sum method.
if (X.dtype.char in np.typecodes['AllFloat'] and not np.isfinite(X.sum())
and not np.isfinite(X).all()):
raise ValueError("Input contains NaN, infinity"
" or a value too large for %r." % X.dtype)
所以确保你的输入中有非NaN值。所有这些值实际上都是浮点值。这些值也不应该是Inf。
我有同样的问题，在我的情况下，答案很简单，我有一个单元格在我的CSV中没有值(“x,y,z，，”)。把一个默认值固定为我。
