我使用sklearn和有一个问题的亲和传播。我已经建立了一个输入矩阵，我一直得到以下错误。
ValueError: Input contains NaN, infinity or a value too large for dtype('float64').
我已经跑了
np.isnan(mat.any()) #and gets False
np.isfinite(mat.all()) #and gets True
我试着用
mat[np.isfinite(mat) == True] = 0
去除掉无限值，但这也没用。 我要怎么做才能去掉矩阵中的无穷大值，这样我就可以使用亲和传播算法了?
我使用anaconda和python 2.7.9。
当前回答
在我的例子中，算法要求数据在(0,1)之间不包含。我非常残酷的解决方案是在所有期望值中添加一个小随机数:
y_train = pd.DataFrame(y_train).applymap(lambda x: x + np.random.rand()/100000.0)["col_name"]
y_train[y_train >= 1] = 0.999999
而y_train在[0,1]的范围内。
这当然不适合所有的情况，因为你会弄乱你的输入数据，但如果你有稀疏的数据，只需要一个快速的预测，这是一个解决方案
其他回答
在我的例子中，算法要求数据在(0,1)之间不包含。我非常残酷的解决方案是在所有期望值中添加一个小随机数:
y_train = pd.DataFrame(y_train).applymap(lambda x: x + np.random.rand()/100000.0)["col_name"]
y_train[y_train >= 1] = 0.999999
而y_train在[0,1]的范围内。
这当然不适合所有的情况，因为你会弄乱你的输入数据，但如果你有稀疏的数据，只需要一个快速的预测，这是一个解决方案
移除所有无限值:
(并替换为该列的min或Max)
import numpy as np
# generate example matrix
matrix = np.random.rand(5,5)
matrix[0,:] = np.inf
matrix[2,:] = -np.inf
>>> matrix
array([[ inf, inf, inf, inf, inf],
[0.87362809, 0.28321499, 0.7427659 , 0.37570528, 0.35783064],
[ -inf, -inf, -inf, -inf, -inf],
[0.72877665, 0.06580068, 0.95222639, 0.00833664, 0.68779902],
[0.90272002, 0.37357483, 0.92952479, 0.072105 , 0.20837798]])
# find min and max values for each column, ignoring nan, -inf, and inf
mins = [np.nanmin(matrix[:, i][matrix[:, i] != -np.inf]) for i in range(matrix.shape[1])]
maxs = [np.nanmax(matrix[:, i][matrix[:, i] != np.inf]) for i in range(matrix.shape[1])]
# go through matrix one column at a time and replace + and -infinity
# with the max or min for that column
for i in range(matrix.shape[1]):
matrix[:, i][matrix[:, i] == -np.inf] = mins[i]
matrix[:, i][matrix[:, i] == np.inf] = maxs[i]
>>> matrix
array([[0.90272002, 0.37357483, 0.95222639, 0.37570528, 0.68779902],
[0.87362809, 0.28321499, 0.7427659 , 0.37570528, 0.35783064],
[0.72877665, 0.06580068, 0.7427659 , 0.00833664, 0.20837798],
[0.72877665, 0.06580068, 0.95222639, 0.00833664, 0.68779902],
[0.90272002, 0.37357483, 0.92952479, 0.072105 , 0.20837798]])
我得到了同样的错误。它适用于df。fillna(-99999, inplace=True)，然后再做任何替换，替换等
我有同样的问题，在我的情况下，答案很简单，我有一个单元格在我的CSV中没有值(“x,y,z，，”)。把一个默认值固定为我。
在python 3的这个版本中:
/opt/anaconda3/bin/python --version
Python 3.6.0 :: Anaconda 4.3.0 (64-bit)
查看错误的详细信息，我发现导致失败的代码行:
/opt/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/sklearn/utils/validation.py in _assert_all_finite(X)
56 and not np.isfinite(X).all()):
57 raise ValueError("Input contains NaN, infinity"
---> 58 " or a value too large for %r." % X.dtype)
59
60
ValueError: Input contains NaN, infinity or a value too large for dtype('float64').
由此，我能够提取正确的方法来测试我的数据所发生的事情，使用由错误消息给出的失败的相同测试:
然后，通过一个快速而肮脏的循环，我能够发现我的数据确实包含nan:
print(p[:,0].shape)
index = 0
for i in p[:,0]:
if not np.isfinite(i):
print(index, i)
index +=1
(367340,)
4454 nan
6940 nan
10868 nan
12753 nan
14855 nan
15678 nan
24954 nan
30251 nan
31108 nan
51455 nan
59055 nan
...
现在我要做的就是去掉这些下标处的值。
