我试图使用熊猫操作.csv文件,但我得到这个错误:

pandas.parser.CParserError:标记数据错误。C错误:第3行有2个字段,见12

我试着读过熊猫的文件,但一无所获。

我的代码很简单:

path = 'GOOG Key Ratios.csv'
#print(open(path).read())
data = pd.read_csv(path)

我该如何解决这个问题?我应该使用csv模块还是其他语言?

文件来自晨星公司


当前回答

这看起来很丑,但你会有你的数据框架

import re
path = 'GOOG Key Ratios.csv'

try:
    data = pd.read_csv(path)
except Exception as e:
    val = re.findall('tokenizing.{1,100}\s*Expected\s*(\d{1,2})\s*',str(e),re.I)
    data = pd.read_csv(path, skiprows=int(val[0])-1)

其他回答

我也有这个问题,但可能是出于不同的原因。我在我的CSV中有一些尾随逗号,添加了熊猫试图读取的额外列。使用以下方法是可行的,但它只是忽略了不好的行:

data = pd.read_csv('file1.csv', error_bad_lines=False)

如果你想让代码行看起来很丑,你可以这样做:

line     = []
expected = []
saw      = []     
cont     = True 

while cont == True:     
    try:
        data = pd.read_csv('file1.csv',skiprows=line)
        cont = False
    except Exception as e:    
        errortype = e.message.split('.')[0].strip()                                
        if errortype == 'Error tokenizing data':                        
           cerror      = e.message.split(':')[1].strip().replace(',','')
           nums        = [n for n in cerror.split(' ') if str.isdigit(n)]
           expected.append(int(nums[0]))
           saw.append(int(nums[2]))
           line.append(int(nums[1])-1)
         else:
           cerror      = 'Unknown'
           print 'Unknown Error - 222'

if line != []:
    # Handle the errors however you want

我接着写了一个脚本,将这些行重新插入到DataFrame中,因为坏的行将由上述代码中的变量“line”给出。这一切都可以通过简单地使用csv阅读器来避免。希望熊猫的开发人员能够在未来更容易地处理这种情况。

有时候问题不在于如何使用python,而在于如何处理原始数据。 我得到了这个错误信息

Error tokenizing data. C error: Expected 18 fields in line 72, saw 19.

结果发现,在列描述中有时会有逗号。这意味着需要清理CSV文件或使用另一个分隔符。

对于这个问题,我遇到了多种解决方案。很多人也给出了最好的解释。但对于初学者来说,我认为以下两种方法就足够了:

import pandas as pd

#Method 1

data = pd.read_csv('file1.csv', error_bad_lines=False)
#Note that this will cause the offending lines to be skipped.

#Method 2 using sep

data = pd.read_csv('file1.csv', sep='\t')

据我所知,在查看了您的文件后,问题是您试图加载的csv文件有多个表。有空行,或者包含表标题的行。试着看看这个Stackoverflow的答案。它展示了如何以编程方式实现这一点。

另一种动态方法是使用csv模块,一次读取每一行,并进行健全检查/正则表达式,以推断该行是否为(title/header/values/blank)。使用这种方法还有一个优点,你可以根据需要在python对象中分割/追加/收集数据。

最简单的方法是在手动选择表格并将其复制到剪贴板后使用pandas函数pd.read_clipboard(),以防您可以在excel或其他工具中打开csv。

无关:

此外,与您的问题无关,但因为没有人提到这一点:我在从UCI加载一些数据集(如seeds_dataset.txt)时遇到了同样的问题。在我的例子中,发生错误是因为一些分隔符的空格比真正的制表符多。例如,请参见下面的第3行

14.38   14.21   0.8951  5.386   3.312   2.462   4.956   1
14.69   14.49   0.8799  5.563   3.259   3.586   5.219   1
14.11   14.1    0.8911  5.42    3.302   2.7     5       1

因此,在分隔符模式中使用\t+而不是\t。

data = pd.read_csv(path, sep='\t+`, header=None)

标记数据错误。C错误:第3行有2个字段,见12

这个错误给出了解决问题“Expected 2 fields in line 3, saw 12”的线索,saw 12表示第二行长度为12,第一行长度为2。

当您有如下所示的数据时,如果您跳过行,那么大部分数据将被跳过

data = """1,2,3
1,2,3,4
1,2,3,4,5
1,2
1,2,3,4"""

如果您不想跳过任何行,请执行以下操作

#First lets find the maximum column for all the rows
with open("file_name.csv", 'r') as temp_f:
    # get No of columns in each line
    col_count = [ len(l.split(",")) for l in temp_f.readlines() ]

### Generate column names  (names will be 0, 1, 2, ..., maximum columns - 1)
column_names = [i for i in range(max(col_count))] 

import pandas as pd
# inside range set the maximum value you can see in "Expected 4 fields in line 2, saw 8"
# here will be 8 
data = pd.read_csv("file_name.csv",header = None,names=column_names )

使用range而不是手动设置名称,因为当您有很多列时,这样做会很麻烦。

此外,如果需要使用均匀的数据长度,可以将NaN值填充为0。如。对于聚类(k-means)

new_data = data.fillna(0)