我不太确定这背后的理论。但我得到了这个几次，并能够通过做下面的事情来解决这个问题。

git pull --rebase

这将从您的原始回购主分支获取并合并更改(如果您有指向)

然后你把你的更改强行推到你的github克隆库(目标)

git push -f origin master

这将确保你的github克隆和你的父repo在相同的github提交级别，你不会看到跨分支的任何不必要的更改。

解决这个问题的一种方法是git在PR中rebase targetbranch。然后git push -force targetbranch，然后Github会显示正确的提交和diff。如果你不知道你在做什么，请小心使用这个。也许先签出一个测试分支来做rebase，然后git diff targetbranch以确保它仍然是你想要的。

对于遇到这种情况并对GitHub Pull Request行为感到困惑的其他人来说，根本原因是PR是源分支尖端与源分支和目标分支的共同祖先之间的差异。因此，它将显示源分支上直到公共祖先的所有更改，而不会考虑目标分支上可能发生的任何更改。

更多信息请访问:https://developer.atlassian.com/blog/2015/01/a-better-pull-request/

基于共同祖先的差异似乎很危险。我希望GitHub能够提供一个更标准的基于3方合并的PR。

编辑-我从来没有提到我总是使用明显的变通办法来避免由此产生的任何问题。只要定期将你的目标分支合并到你的PR分支中，你就不会遇到任何令人不快的意外。

一旦我在开始新的改变或创建PR之前开始做以下事情，这个问题就不会发生在我身上。

git pull --rebase origin <target-branch>

这基本上确保了从本地添加的任何新更改都堆叠在当前远程分支中的内容之上。因此，我们的本地分支总是在当前远程头的顶部，只有新的提交在PR中。

我找到了一种方法来获得正确的行为(在2020年11月测试)。

git合并和解决冲突后，需要使用git merge——continue而不是git commit ....

这发生在GitHub中，当你压缩从目标分支合并的提交时。

I had been using squash and merge with Github as the default merge strategy, including merges from the target branch. This introduces a new commit and GitHub doesn't recognize that this squashed commit is the same as the ones already in master (but with different hashes). Git handles it properly but you see all the changes again in GitHub, making it annoying to review. The solution is to do a regular merge of these pulled in upstream commits instead of a squash and merge. When you want to merge in another branch into yours as a dependency, git merge --squash and revert that single commit before pulling from master once that other branch has actually made it to master.

编辑:另一种解决方案是重新基底和强制推。干净但被改写的历史