我希望遍历整个文件的每一行。一种方法是读取整个文件,将其保存到一个列表中,然后遍历感兴趣的行。这种方法使用大量内存,所以我正在寻找一种替代方法。

到目前为止我的代码:

for each_line in fileinput.input(input_file):
    do_something(each_line)

    for each_line_again in fileinput.input(input_file):
        do_something(each_line_again)

执行这段代码会给出一个错误消息:设备处于活动状态。

有什么建议吗?

目的是计算成对字符串的相似性,这意味着对于文件中的每一行,我想计算与其他每一行的Levenshtein距离。

编辑:在这个问题8个月后提出的一个相关问题有许多有用的答案和评论。要更深入地了解python逻辑,请阅读以下相关问题:如何在python中逐行读取文件?


当前回答

这是python中读取文件的一种可能方式:

f = open(input_file)
for line in f:
    do_stuff(line)
f.close()

它不分配一个完整的列表。它在直线上迭代。

其他回答

正确的、完全python式的读取文件的方法如下:

with open(...) as f:
    for line in f:
        # Do something with 'line'

with语句处理打开和关闭文件,包括在内部块中引发异常。f中的for行将文件对象f视为可迭代对象,它自动使用缓冲I/O和内存管理,因此您不必担心大文件。

应该有一种——最好只有一种——明显的方法来做到这一点。

两种内存高效方法按顺序排列(第一种是最好的)-

python 2.5及以上版本支持with -的使用 如果你真的想控制读取量,可以使用yield

1. with的用法

With是读取大文件的一种漂亮而有效的python方法。优点- 1)文件对象在使用执行块退出后自动关闭。2) with块内部的异常处理。3) memory for循环逐行遍历f文件对象。在内部它做缓冲IO(优化昂贵的IO操作)和内存管理。

with open("x.txt") as f:
    for line in f:
        do something with data

2. 产量的使用

有时,人们可能希望对每次迭代中读取的量进行更细粒度的控制。在这种情况下,使用iter & yield。注意,使用这种方法需要在结束时显式地关闭文件。

def readInChunks(fileObj, chunkSize=2048):
    """
    Lazy function to read a file piece by piece.
    Default chunk size: 2kB.

    """
    while True:
        data = fileObj.read(chunkSize)
        if not data:
            break
        yield data

f = open('bigFile')
for chunk in readInChunks(f):
    do_something(chunk)
f.close()

陷阱和为了完整性——下面的方法对于读取大文件来说不是那么好或不那么优雅,但请阅读以获得全面的理解。

在Python中,从文件中读取行最常见的方法是执行以下操作:

for line in open('myfile','r').readlines():
    do_something(line)

但是,当完成此操作时,readlines()函数(与read()函数相同)将整个文件加载到内存中,然后对其进行迭代。对于大文件,稍微好一点的方法(上面提到的两种方法是最好的)是使用fileinput模块,如下所示:

import fileinput

for line in fileinput.input(['myfile']):
    do_something(line)

fileinput.input()调用按顺序读取行,但在读取后不将它们保存在内存中,甚至只是这样,因为python中的file是可迭代的。

参考文献

带有语句的Python

逐行读取大文件的最佳方法是使用python枚举函数

with open(file_name, "rU") as read_file:
    for i, row in enumerate(read_file, 1):
        #do something
        #i in line of that line
        #row containts all data of that line

Katrielalex提供了打开和读取一个文件的方法。

不管你的算法是如何运行的,它会为文件的每一行读取整个文件。这意味着,如果N是文件中的行数,那么读取文件的总量(以及计算Levenshtein距离)将是N*N。由于您关心文件大小,并且不想将其保存在内存中,因此我关心的是所产生的二次运行时。你的算法属于O(n^2)类算法,通常可以通过专门化来改进。

我怀疑您已经知道这里内存与运行时的权衡,但是您可能想要研究是否有一种并行计算多个Levenshtein距离的有效方法。如果是这样的话,在这里分享你的解决方案会很有趣。

你的文件有多少行,你的算法必须在什么样的机器(mem和cpu功率)上运行,以及容忍的运行时间是多少?

代码如下所示:

with f_outer as open(input_file, 'r'):
    for line_outer in f_outer:
        with f_inner as open(input_file, 'r'):
            for line_inner in f_inner:
                compute_distance(line_outer, line_inner)

但问题是你如何存储距离(矩阵?),你能获得一个优势准备例如outer_line处理,或缓存一些中间结果以供重用。

来自python文档fileinput.input():

这将遍历sys. exe中列出的所有文件的行。Argv[1:],默认为sys。如果列表为空,则输入

进一步,函数的定义为:

fileinput.FileInput([files[, inplace[, backup[, mode[, openhook]]]]])

字里行间,这告诉我文件可以是一个列表,所以你可以有这样的东西:

for each_line in fileinput.input([input_file, input_file]):
  do_something(each_line)

更多信息请参见这里