这里有这么多答案，我希望我可以贡献我自己的版本，它基于原始答案（顺便提一下），但具有更图形化的视角，也为每个zipfile设置使用上下文并对os.walk（）进行排序，以便获得有序的输出。

有了这些文件夹和文件（以及其他文件夹），我想为每个cap_文件夹创建一个.zip：

$ tree -d
.
├── cap_01
|    ├── 0101000001.json
|    ├── 0101000002.json
|    ├── 0101000003.json
|
├── cap_02
|    ├── 0201000001.json
|    ├── 0201000002.json
|    ├── 0201001003.json
|
├── cap_03
|    ├── 0301000001.json
|    ├── 0301000002.json
|    ├── 0301000003.json
| 
├── docs
|    ├── map.txt
|    ├── main_data.xml
|
├── core_files
     ├── core_master
     ├── core_slave

以下是我应用的内容，并附有评论，以更好地理解流程。

$ cat zip_cap_dirs.py 
""" Zip 'cap_*' directories. """           
import os                                                                       
import zipfile as zf                                                            


for root, dirs, files in sorted(os.walk('.')):                                                                                               
    if 'cap_' in root:                                                          
        print(f"Compressing: {root}")                                           
        # Defining .zip name, according to Capítulo.                            
        cap_dir_zip = '{}.zip'.format(root)                                     
        # Opening zipfile context for current root dir.                         
        with zf.ZipFile(cap_dir_zip, 'w', zf.ZIP_DEFLATED) as new_zip:          
            # Iterating over os.walk list of files for the current root dir.    
            for f in files:                                                     
                # Defining relative path to files from current root dir.        
                f_path = os.path.join(root, f)                                  
                # Writing the file on the .zip file of the context              
                new_zip.write(f_path) 

基本上，对于os.walk（路径）上的每一次迭代，我都会打开一个用于zipfile设置的上下文，然后对文件进行迭代，这是根目录中的文件列表，根据当前根目录形成每个文件的相对路径，并附加到正在运行的zipfile上下文。

输出如下所示：

$ python3 zip_cap_dirs.py
Compressing: ./cap_01
Compressing: ./cap_02
Compressing: ./cap_03

要查看每个.zip目录的内容，可以使用less命令：

$ less cap_01.zip

Archive:  cap_01.zip
 Length   Method    Size  Cmpr    Date    Time   CRC-32   Name
--------  ------  ------- ---- ---------- ----- --------  ----
  22017  Defl:N     2471  89% 2019-09-05 08:05 7a3b5ec6  cap_01/0101000001.json
  21998  Defl:N     2471  89% 2019-09-05 08:05 155bece7  cap_01/0101000002.json
  23236  Defl:N     2573  89% 2019-09-05 08:05 55fced20  cap_01/0101000003.json
--------          ------- ---                           -------
  67251             7515  89%                            3 files

下面是Nux给出的答案的一个变体，对我有用：

def WriteDirectoryToZipFile( zipHandle, srcPath, zipLocalPath = "", zipOperation = zipfile.ZIP_DEFLATED ):
    basePath = os.path.split( srcPath )[ 0 ]
    for root, dirs, files in os.walk( srcPath ):
        p = os.path.join( zipLocalPath, root [ ( len( basePath ) + 1 ) : ] )
        # add dir
        zipHandle.write( root, p, zipOperation )
        # add files
        for f in files:
            filePath = os.path.join( root, f )
            fileInZipPath = os.path.join( p, f )
            zipHandle.write( filePath, fileInZipPath, zipOperation )

此函数将递归地压缩目录树，压缩文件，并在存档中记录正确的相对文件名。存档条目与zip-r output.zip source_dir生成的条目相同。

import os
import zipfile
def make_zipfile(output_filename, source_dir):
    relroot = os.path.abspath(os.path.join(source_dir, os.pardir))
    with zipfile.ZipFile(output_filename, "w", zipfile.ZIP_DEFLATED) as zip:
        for root, dirs, files in os.walk(source_dir):
            # add directory (needed for empty dirs)
            zip.write(root, os.path.relpath(root, relroot))
            for file in files:
                filename = os.path.join(root, file)
                if os.path.isfile(filename): # regular files only
                    arcname = os.path.join(os.path.relpath(root, relroot), file)
                    zip.write(filename, arcname)

如果您想要一个类似于任何通用图形文件管理器的压缩文件夹的功能，可以使用以下代码，它使用zipfile模块。使用这段代码，您将得到以路径为根文件夹的zip文件。

import os
import zipfile

def zipdir(path, ziph):
    # Iterate all the directories and files
    for root, dirs, files in os.walk(path):
        # Create a prefix variable with the folder structure inside the path folder. 
        # So if a file is at the path directory will be at the root directory of the zip file
        # so the prefix will be empty. If the file belongs to a containing folder of path folder 
        # then the prefix will be that folder.
        if root.replace(path,'') == '':
                prefix = ''
        else:
                # Keep the folder structure after the path folder, append a '/' at the end 
                # and remome the first character, if it is a '/' in order to have a path like 
                # folder1/folder2/file.txt
                prefix = root.replace(path, '') + '/'
                if (prefix[0] == '/'):
                        prefix = prefix[1:]
        for filename in files:
                actual_file_path = root + '/' + filename
                zipped_file_path = prefix + filename
                zipf.write( actual_file_path, zipped_file_path)


zipf = zipfile.ZipFile('Python.zip', 'w', zipfile.ZIP_DEFLATED)
zipdir('/tmp/justtest/', zipf)
zipf.close()

如何在Python中创建目录结构的zip存档？

在Python脚本中

在Python 2.7+中，shutil有一个make_archive函数。

from shutil import make_archive
make_archive(
  'zipfile_name', 
  'zip',           # the archive format - or tar, bztar, gztar 
  root_dir=None,   # root for archive - current working dir if None
  base_dir=None)   # start archiving from here - cwd if None too

在这里，压缩的归档文件将命名为zipfile_name.zip。如果base_dir距离root_dir更远，它将排除不在base_dir中的文件，但仍将父目录中的文件归档到root_dir。

我在Cygwin上用2.7测试这个时确实遇到了问题——它需要一个root_dir参数，用于cwd：

make_archive('zipfile_name', 'zip', root_dir='.')

从shell使用Python

您也可以使用zipfile模块从shell中使用Python执行此操作：

$ python -m zipfile -c zipname sourcedir

其中zipname是所需目标文件的名称（如果需要，请添加.zip，它不会自动执行），sourcedir是目录的路径。

压缩Python（或者只是不需要父目录）：

如果您试图用__init__.py和__main__.py压缩一个python包，并且不需要父目录

$ python -m zipfile -c zipname sourcedir/*

And

$ python zipname

将运行程序包。（请注意，不能将子包作为压缩存档的入口点运行。）

压缩Python应用程序：

如果您有python3.5+，并且特别想压缩Python包，请使用ziapp:

$ python -m zipapp myapp
$ python myapp.pyz

现代Python（3.6+）使用pathlib模块对路径进行类似OOP的简洁处理，使用pathlib.Path.rglob（）进行递归globing。据我所知，这相当于乔治·V·莱利的回答：压缩压缩，最顶层的元素是目录，保持空目录，使用相对路径。

from pathlib import Path
from zipfile import ZIP_DEFLATED, ZipFile

from os import PathLike
from typing import Union


def zip_dir(zip_name: str, source_dir: Union[str, PathLike]):
    src_path = Path(source_dir).expanduser().resolve(strict=True)
    with ZipFile(zip_name, 'w', ZIP_DEFLATED) as zf:
        for file in src_path.rglob('*'):
            zf.write(file, file.relative_to(src_path.parent))

注意：如可选类型提示所示，zip_name不能是Path对象（将在3.6.2+中修复）。