这里有这么多答案，我希望我可以贡献我自己的版本，它基于原始答案（顺便提一下），但具有更图形化的视角，也为每个zipfile设置使用上下文并对os.walk（）进行排序，以便获得有序的输出。

有了这些文件夹和文件（以及其他文件夹），我想为每个cap_文件夹创建一个.zip：

$ tree -d
.
├── cap_01
|    ├── 0101000001.json
|    ├── 0101000002.json
|    ├── 0101000003.json
|
├── cap_02
|    ├── 0201000001.json
|    ├── 0201000002.json
|    ├── 0201001003.json
|
├── cap_03
|    ├── 0301000001.json
|    ├── 0301000002.json
|    ├── 0301000003.json
| 
├── docs
|    ├── map.txt
|    ├── main_data.xml
|
├── core_files
     ├── core_master
     ├── core_slave

以下是我应用的内容，并附有评论，以更好地理解流程。

$ cat zip_cap_dirs.py 
""" Zip 'cap_*' directories. """           
import os                                                                       
import zipfile as zf                                                            


for root, dirs, files in sorted(os.walk('.')):                                                                                               
    if 'cap_' in root:                                                          
        print(f"Compressing: {root}")                                           
        # Defining .zip name, according to Capítulo.                            
        cap_dir_zip = '{}.zip'.format(root)                                     
        # Opening zipfile context for current root dir.                         
        with zf.ZipFile(cap_dir_zip, 'w', zf.ZIP_DEFLATED) as new_zip:          
            # Iterating over os.walk list of files for the current root dir.    
            for f in files:                                                     
                # Defining relative path to files from current root dir.        
                f_path = os.path.join(root, f)                                  
                # Writing the file on the .zip file of the context              
                new_zip.write(f_path) 

基本上，对于os.walk（路径）上的每一次迭代，我都会打开一个用于zipfile设置的上下文，然后对文件进行迭代，这是根目录中的文件列表，根据当前根目录形成每个文件的相对路径，并附加到正在运行的zipfile上下文。

输出如下所示：

$ python3 zip_cap_dirs.py
Compressing: ./cap_01
Compressing: ./cap_02
Compressing: ./cap_03

要查看每个.zip目录的内容，可以使用less命令：

$ less cap_01.zip

Archive:  cap_01.zip
 Length   Method    Size  Cmpr    Date    Time   CRC-32   Name
--------  ------  ------- ---- ---------- ----- --------  ----
  22017  Defl:N     2471  89% 2019-09-05 08:05 7a3b5ec6  cap_01/0101000001.json
  21998  Defl:N     2471  89% 2019-09-05 08:05 155bece7  cap_01/0101000002.json
  23236  Defl:N     2573  89% 2019-09-05 08:05 55fced20  cap_01/0101000003.json
--------          ------- ---                           -------
  67251             7515  89%                            3 files

要提供更大的灵活性，例如按名称选择目录/文件，请使用：

import os
import zipfile

def zipall(ob, path, rel=""):
    basename = os.path.basename(path)
    if os.path.isdir(path):
        if rel == "":
            rel = basename
        ob.write(path, os.path.join(rel))
        for root, dirs, files in os.walk(path):
            for d in dirs:
                zipall(ob, os.path.join(root, d), os.path.join(rel, d))
            for f in files:
                ob.write(os.path.join(root, f), os.path.join(rel, f))
            break
    elif os.path.isfile(path):
        ob.write(path, os.path.join(rel, basename))
    else:
        pass

对于文件树：

.
├── dir
│   ├── dir2
│   │   └── file2.txt
│   ├── dir3
│   │   └── file3.txt
│   └── file.txt
├── dir4
│   ├── dir5
│   └── file4.txt
├── listdir.zip
├── main.py
├── root.txt
└── selective.zip

例如，您可以只选择dir4和root.txt：

cwd = os.getcwd()
files = [os.path.join(cwd, f) for f in ['dir4', 'root.txt']]

with zipfile.ZipFile("selective.zip", "w" ) as myzip:
    for f in files:
        zipall(myzip, f)

或者只需在脚本调用目录中列出目录，然后从中添加所有内容：

with zipfile.ZipFile("listdir.zip", "w" ) as myzip:
    for f in os.listdir():
        if f == "listdir.zip":
            # Creating a listdir.zip in the same directory
            # will include listdir.zip inside itself, beware of this
            continue
        zipall(myzip, f)

我通过将Mark Byers的解决方案与Reimund和Morten Zilmer的评论（相对路径和包括空目录）合并，准备了一个函数。作为最佳实践，在ZipFile的文件构造中使用。

该函数还准备一个带有压缩目录名和“.zip”扩展名的默认zip文件名。因此，它只使用一个参数：要压缩的源目录。

import os
import zipfile

def zip_dir(path_dir, path_file_zip=''):
if not path_file_zip:
    path_file_zip = os.path.join(
        os.path.dirname(path_dir), os.path.basename(path_dir)+'.zip')
with zipfile.ZipFile(path_file_zip, 'wb', zipfile.ZIP_DEFLATED) as zip_file:
    for root, dirs, files in os.walk(path_dir):
        for file_or_dir in files + dirs:
            zip_file.write(
                os.path.join(root, file_or_dir),
                os.path.relpath(os.path.join(root, file_or_dir),
                                os.path.join(path_dir, os.path.pardir)))

下面是Nux给出的答案的一个变体，对我有用：

def WriteDirectoryToZipFile( zipHandle, srcPath, zipLocalPath = "", zipOperation = zipfile.ZIP_DEFLATED ):
    basePath = os.path.split( srcPath )[ 0 ]
    for root, dirs, files in os.walk( srcPath ):
        p = os.path.join( zipLocalPath, root [ ( len( basePath ) + 1 ) : ] )
        # add dir
        zipHandle.write( root, p, zipOperation )
        # add files
        for f in files:
            filePath = os.path.join( root, f )
            fileInZipPath = os.path.join( p, f )
            zipHandle.write( filePath, fileInZipPath, zipOperation )

要将mydirectory的内容添加到新的zip文件中，包括所有文件和子目录：

import os
import zipfile

zf = zipfile.ZipFile("myzipfile.zip", "w")
for dirname, subdirs, files in os.walk("mydirectory"):
    zf.write(dirname)
    for filename in files:
        zf.write(os.path.join(dirname, filename))
zf.close()

现代Python（3.6+）使用pathlib模块对路径进行类似OOP的简洁处理，使用pathlib.Path.rglob（）进行递归globing。据我所知，这相当于乔治·V·莱利的回答：压缩压缩，最顶层的元素是目录，保持空目录，使用相对路径。

from pathlib import Path
from zipfile import ZIP_DEFLATED, ZipFile

from os import PathLike
from typing import Union


def zip_dir(zip_name: str, source_dir: Union[str, PathLike]):
    src_path = Path(source_dir).expanduser().resolve(strict=True)
    with ZipFile(zip_name, 'w', ZIP_DEFLATED) as zf:
        for file in src_path.rglob('*'):
            zf.write(file, file.relative_to(src_path.parent))

注意：如可选类型提示所示，zip_name不能是Path对象（将在3.6.2+中修复）。