如何找出在R中加载了哪个包版本?

我正在研究如何使用我的大学集群。它安装了2个R版本。系统范围R 2.11 (Debian 6.0)和R 2.14.2在非标准位置。

我正在尝试使用MPI和雪。我要运行的代码如下所示

library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()

它在r2.11上没有任何问题。(我用mpirun -H localhost启动脚本，n1,n2,n3,n4 -n 1 R——slave -f code.R)。现在，当我尝试用R 2.14.2来做这件事时，我得到了以下消息:

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:

所以R似乎加载了为r2.11编译的snow版本包。我已经在r2.14下将snow安装到我的主文件夹中，并在代码中添加了以下代码行:

.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)

错误之前的输出确认我确实在运行R 2.14.2，我的R packages文件夹在搜索路径的第一个。但我还是得到了错误。

我的问题是，如何确定R中加载的是哪个版本的包?我可以看到安装。包所有的包，其中安装，所以也许有一些功能，列出类似的信息加载包?

当前回答

根据前面的回答，下面是打印R-version的一种简单替代方法，后面是命名空间中加载的每个包的名称和版本。它可以在Jupyter笔记本上工作，在那里我在运行sessionInfo()和R—版本时遇到了问题。

print(paste("R", getRversion()))
print("-------------")
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) {
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name)))
}

Out:

[1] "R 3.2.2"
[1] "-------------"
[1] "AnnotationDbi 1.32.2"
[1] "Biobase 2.30.0"
[1] "BiocGenerics 0.16.1"
[1] "BiocParallel 1.4.3"
[1] "DBI 0.3.1"
[1] "DESeq2 1.10.0"
[1] "Formula 1.2.1"
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1"
[1] "GenomicRanges 1.22.3"
[1] "Hmisc 3.17.0"
[1] "IRanges 2.4.6"
[1] "IRdisplay 0.3"
[1] "IRkernel 0.5"

2016-02-24 16:49:23

其他回答

您可以使用sessionInfo()来实现这一点。

> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     grid      methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.0  reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-1   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       MASS_7.3-18        memoise_0.1        munsell_0.3       
 [7] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0       stringr_0.6       
>

然而，根据下面的评论和答案，有更好的选择

> packageVersion("snow")

[1] '0.3.9'

Or:

"Rmpi" %in% loadedNamespaces()

2012-06-19 14:31:47

要检查R的版本，执行:R——version

或者在R shell中打印版本$version.string的内容

EDIT

要检查已安装包的版本，请执行以下操作。

加载库之后，可以执行sessionInfo ()

但是要知道所有已安装包的列表:

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]

或来提取特定的库版本，一旦您使用已安装的。如上所述的包函数只是在矩阵的第一维中使用包的名称。

packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]

上面将打印RANN库和图形库的版本。

2012-06-19 14:32:09

你可以使用utils::packageVersion来查看安装的包的版本:

> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’

请注意,

一个包将不会被“找到”，除非它有一个包含有效版本字段的描述文件。当没有找到包目录和有合适的目录但没有有效的DESCRIPTION文件时，会给出不同的警告。

虽然听起来像是你想知道你正在运行的R的哪个版本，但在这种情况下，@Justin的sessionInfo建议是可行的。

2012-06-19 14:36:34

Search()可以给出一个会话中附加包的更简化的列表(即，没有sessionInfo()给出的详细信息)

搜索{base}- R文档描述:给出附加包的列表。Search ()

search()
#[1] ".GlobalEnv"        "package:Rfacebook" "package:httpuv"   
#"package:rjson"    
#[5] "package:httr"      "package:bindrcpp"  "package:forcats"   # 
#"package:stringr"  
#[9] "package:dplyr"     "package:purrr"     "package:readr"     
#"package:tidyr"    
#[13] "package:tibble"    "package:ggplot2"   "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"    
#[17] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" 
#"package:utils"    
#[21] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         
#"package:base"

2018-01-13 17:15:32

使用如下代码获取系统中安装的R包版本。

installed.packages(fields = c ("Package", "Version"))

2015-09-24 08:07:42

如何找出在R中加载了哪个包版本?

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